К тому времени, когда император Карл призванием Вальдгаузера положил начало религиозному движению в Праге, подоспело и другое его дело, благодаря которому, Прага должна была быть средоточием научной образованности не только для одной Чехии, но и для всех стран немецких и славянских, принадлежавших римской церкви. Пражский университет процветал уже во всех четырех факультетах, на которые в средние века разделялся обыкновенно круг научного образования; из близких и далеких стран ежегодно приходили молодые и взрослые люди, большей частью из духовного сословия, в таком же числе, как некогда в Италию и во Францию, с целью воспользоваться удобным случаем получить высшее образование. В 1360 году этому великолепному ученому учреждению последовала первая полная организация чрез посредничество и решение архиепископа Эрнеста, как канцлера, то есть высшего главы университета, достоинство, которое в силу папского установления всегда было соединено с архиепископством. Все учащие и учащиеся составляли вместе общину, исключенную из под власти судов земских и городских, так что управлялись представителем из своей среды, именно ректором, избираемым всегда на полгода, и его советом. Избрание это совершалось равным участием так называемых четырех народностей, на которые делилась община, — чешской. польской, баварской и саксонской, при чем к чешской народности присоединена была также Моравия, Венгрия и югославянские земли, к польской кроме королевства Польского, также Силезия и соседние немецкие земли, так что тут было более немцев, чем поляков, к народностям баварской и саксонской присоединены были остальные немецкие земли и кроме того Дания, Швеция и Норвегия. Из этих стран, равно как и изо всех отдаленнейших концов Германии, приходили учиться в Прагу.
Подле университета были факультеты, подобно четырем цехам, к которым принадлежали только те, которые после испытания приобрели себе сначала звание бакалавра, потом магистра или доктора. Представитель каждого отдельного факультета, избиравшийся на год, назывался деканом. Экзаменаторы, избранные факультетом, следили за способностью учеников к бакалаврской и учительской степени; пожалование же магистерского или докторского достоинства принадлежало канцлеру или его наместнику. Достоинство учителя давало право к преподаванию в его факультете, бакалавру же принадлежало это право только отчасти. Учителя или профессора читали свои лекции сначала у себя на дому, некоторые в монастырях, к которым принадлежали, как например доминиканцы, августинцы, минориты и кармелиты, которые всегда из своей среды имели доктора богословия; особенный доктор богословия, которого архиепископская капитула держала для обыкновенных папских распоряжений, читал при церкви св. Витта. В 1359 году Карл IV дал пражскому университету дом близ монастыря св. Франциска в Старом городе; семь лет позже основал так называемую Карлову коллегию в доме какого-то жида Лазаря (1366), в которой 12 профессоров факультета свободных наук пользовались постоянным жилищем и содержанием на монастырский счет. Кроме того император присоединил к университету капитулу Всех Святых в пражском замке, чтобы всегда, при упразднении должности каноника, занимал ее самый старший учитель Карловой коллегии, притом чтобы он преподавал богословие или свободные науки, пребывая в другой общинной коллегии, которая была названа коллегией Всех Святых (1366). Несколько лет спустя, юристы отделились от остальных трех факультетов и составили особенную общину с своим ректором (1372). хотя все-таки под общей властью канцлера-архиепископа; император Карл подарил им особенную коллегию в Целетной улице в старом пражском замке, а в то же время и медикам или лекарям в улице св. Валентина, которая ныне известна под именем Кадровой.
Постройка в новом пражском замке, основанном Карлом, шла так быстро, что все улицы и площади окончены были еще при его жизни. Тотчас по возвращении своем из Италии, Карл основал здесь бенедиктинский монастырь св. Амвросия и монастырь св. Екатерины августинского ордена, как кажется, в воспоминание битвы у Сан-Фелицы, бывшей во время владения его в Ломбардии в день этой святой (1355). Позже основан еще монастырь Богородицы в Ботиче для ордена сервитов, новый в стране (1360), и перенес из Садека в верхние части нового замка древнюю капитулу св. Аполинария (1362). Когда новый замок процветал таким образом, малая сторона стала расширяться постройкой новой городской стены, которая, начиная от Градчан, местечка пражских бургграфов, возникшего во время короля Яна, обнимала Страхов и южную часть Петжина и касалась древнего предместья Небовида и уезда до границ города (1360).