Большие беспокойства встретили скоро короля Вячеслава от недовольства чешского дворянства его способом управления страной. В том же году, когда во время споров с архиепископом, он так высоко поставил королевское достоинство (1393), главнейшие земские паны стали советоваться между собой, как бы склонить его на свою сторону, и вошли со временем в согласие с братом его Сигизмундом и с Иостом моравским маркграфом, которые втянули в союз этот и чужих князей, Альбрехта III, герцога австрийского, и Вильгельма маркграфа мейсенского. В следующем году (1394) паны и с ними также Иост Моравский составили союз, как говорили, для преобразования земских порядков и учреждений, укоряли короля в некоторых действительных или выдуманных беспорядках; главная же их цель была даровать своему сословию законное право к исключительному обладанию высшими государственными должностями и местами в земском суде, где по стародавнему обычаю, они являлись только посредниками, затем ограничить короля высшими земскими сановниками, чтобы он ничего не мог предпринять без их желания. Когда король не хотел согласиться на подобные требования, паны схватили его неожиданно в Краледворе за Берауном, отправили в Пражский замок, а сами захватили власть вместе с Иостом маркграфом моравским, который назначен был в то время правителем или земским старостой.
Скоро однако ж король Вячеслав вошел в тайные сношения с братом своим Яном князем Згорелецким, который, прибыв в Чехию, собрал войско и начал войну с панским союзом. Мещане и простой народ с негодованием смотрели на пленение короля; также бургграфы королевских замков скоро все без исключения приняли его сторону. Когда Ян прибил в Прагу, охотно впущен был в город, а паны противной стороны оставили город и отвезли с собой и короля Вячеслава, который, находясь сначала в замках Генриха Росенбергского, главного пана в союзе, отвезен был наконец в Вилдберг в верхнюю Австрию. Однако ж Ян Згожелецкий так долго преследовал панов войной, что они решились наконец отпустить короля и покориться некоторым приговорам, которые должны были установить мир.
Король Вячеслав, получив свободу, не заботился об исполнении этого договора и тем приготовил вторичное восстание дворянского союза (1395). Ян Згожелецкий сам стал сомневаться, рассорился с братом и вскоре внезапно умер (1396). Тогда наконец король должен был покориться решению старшего брага Сигизмунда и маркграфа Иоста. Он должен был доверить главным из панского союза высшие земские должности и принять их в число своих советников. Генрих Росенберг назначен был главным бургграфом. Иост Моравский поселился в Праге около Вячеслава, и имел большое влияние на управление, в котором власть короля потеряла свое значение. Новые правители так мало на нее обращали внимания, что под вымышленным предлогом, они умертвили в Карлштейне четырех из его придворных (1397) и не подверглись за это никакому наказанию.
Своеволие, которое оказано было против Вячеслава в родной его земле, скоро возбудило большие беспорядки в Германии. Обвиняли его в том, что он мало занимался делами государства, а честолюбивый курфюрст пфальцский, Рупрехт, поднял войну против него, желая быть императором вместо него. Тогда Вячеслав наконец ободрился, изгнал Иоста из Чехии и по-прежнему взял в свои руки бразды правления, с помощью другого моравского князя Прокопия, которого он сделал своим советником. Прежде всего он отправился в Германию (1398), собрал государственный сейм во Франкфурте, уничтожил некоторые беспорядки и раздоры и поехал потом к французскому королю Карлу VI для переговоров с ним об уничтожении, до сих пор продолжавшегося, церковного раскола. На сейме в Реймсе короли решили содействовать тому, чтобы оба папы добровольно отреклись, а на место их единогласно избрать нового. Но как только Вячеслав открыл свое намерение папе римскому Бонифацию, как лишился его расположения, так что папа сначала тайно, а потом и явно стал действовать в пользу Рупрехта пфальцского. Тогда снова восстал панский союз в Чехии (1399) вместе с партией Рупрехта в Германии и с Иостом и Сигизмундом, королем венгерским; война продолжалась в Чехии около двух лет. Между тем князья, враждебные Вячеславу, приступили к свержению его, а Рупрехт Пфальцский тремя духовными курфюрстами избран был в императоры (1400).