Император Рудольф, у которого от стоявшего прежде в Венгрии, против турок и Бочкая, войска осталось на службе только некоторая часть, под новым начальством графа Яна Тилли, вызвал его сначала из Австрии в Моравию, а теперь в Чехию, к самой Праге. Но узнав уже настоящие замыслы своего брата, он велел увеличить это войско на сколько возможно и назначил чешским сословиям сейм в Праге, для совещаний с ними о защите земли; когда же Матвей, без всякого сопротивления, дошел, наконец, до Часлова, цезарь отправил к нему с посольством главного из тогдашних своих советников, кардинала Франциска из Дитрихштейна, епископа Ольмюцкого, предлагая уступить ему власть в Австрии и Венгрии, чтобы он за это оставил его в покое. Но Матвей открыто требовал, чтобы цезарь уступил ему все свои владения, а сам отправился бы на покой в Тироль; и вслед за этим он отправился далее к Праге, к самому чешскому Броду. Оттуда он послал Карла Жеротина, во главе других послов, в Прагу с повторением своих требований как чешским сословиям, так и цезарю. Сословия чешские не последовали примеру мораван и не явились в Наслав, по желанию Матвея, а сошлись в большом числе на сейм, назначенный в Праге цезарем Рудольфом. Главным оратором опять был пан Вацлав из Будова. Им были изложены их желания в 25 статьях, из которых одна касалась религии, а остальные различных недостатков в обучении, распространившихся в последнее время. Двести панов и триста лиц рыцарского сословия, вместе с тем все королевские города, кроме Пльзена, Будейовице и Кадани, подписали эти требования и представили императору, прежде нежели дали ответ на посольство Жеротина. Находясь в стесненном положении, император Рудольф без раздумья согласился на все пункты; относительно же статьи о религии сделал отсрочку до первого сейма, впрочем под условием, чтобы сословия не были обязаны рассуждать о других предложениях королевских, покуда, не была бы утверждена статья о религии. Удовлетворившись этим, сословия отказали желанию Матвея принять его королем и усердно возбуждали общую готовность к защите против него. Матвей тотчас собрал войско, с которым он после отказа на его предложение двинулся к Дубну и Молешицам, на расстоянии или от Праги, при чем однако не отвергнул дальнейшего переговора о мире. Император Рудольф решился наконец с согласия чешских сословий уступить ему Венгрию, Австрию и кроме того маркграфство моравское, предложивши чешским сословиям, чтобы они также приняли его своим наследником. Под этими условиями был заключен мир в Либине 25 июня, и Матвей, распустив свое войско, удалился из страны.
Этим миром достигнуто было такое положение вещей, при которых ни Рудольф, ни Матвей не могли противостоять сословиям пограничных земель, единодушных в усилии приобретения свободы в делах религиозных и политических. В январе 1609 года император Рудольф созвал чешский сейм, на котором, по его обещанию, прежде всего стали рассуждать о желаниях сословий в вопросах религиозных. Евангелические сословия с «братьями» желали, чтобы император Рудольф дал им право на занятие мест в консистории партии утраквистов и чтоб исключительно им поручил администрацию университета или пражской академии. Католические советники императора и упорнейший между ними, Зденек Попел из Лобковиц, бывший первым канцлером, отказали и теперь в согласии на эти желания; отсюда образовалась продолжительная переписка между императором и сословиями. наконец, спустя 2 месяца, император объявил статью о религиозных делах отложенной и требовал у сословий, чтобы они перешли к другим пунктам предложений королевских; когда же те опять отказались это сделать, он распустил сейм. Протестантские сословия положили теперь, вопреки земскому уложению, от своего лица сделать съезд в Новогородской ратуше, на который они явились вооруженными и с большим числом войска, так как опасались встретить открытое сопротивление. Император Рудольф, безуспешно искавший посредников для приведения сословий к послушанию, наконец созвал новый сейм, на котором прежде всего требовал у утраквистов, чтобы они объявили ему порядок, которым они намерены были бы; сделать улучшения в церковных делах; от этого они однако отказались и изложили прежние жалобы свои в форме королевской грамоты, ожидая императорской подписи. Когда император не захотел этого исполнить, сословия решились обратиться к вооруженному сопротивлению, для защиты, как говорили, своей религии. Собрано было войско, начальником которого назначен был Генрих Матвей Турн, шляхтич немецкий, недавно поселившийся в стране, и учреждена комиссия из 75 директоров, которым сословия поручили ведение своих дел. К этой оппозиции присоединились и сословия силезские, заключившие при помощи отправленных в Прагу послов союз с чехами для взаимной помощи.