Цезарь Рудольф во все свое долгое царствование ничего не предпринимал относительно религиозных дел в Чехии. Между тем как евангелические сословия, при этом бездействии о стороны цезаря, совсем перестали заботиться о водворении лучшего порядка в своем исповедании, партия католическая ревностной деятельностью мало помалу возвысилась в земле. Иезуитский орден, которому кроме первой школы у св. Климента в Праге, досталась впоследствии другая, у Крумлова, заложенная паном Вильгельмом Росенбергским, начал кроме исповедания в высшей школе в Праге, разнообразную деятельность для распространения основательного познания католического учения в Чехии и обращения отдельных лиц из протестантства в католицизм. Особенно же удалось иезуитам, воспитанием шляхетского юношества, приобрести для католической церкви чем далее, тем ревностнейших и решительнейших помощников из чешского панства. Равным образом архиепископы пражские усердно заботились о лучшем образовании католического духовенства и особенно об исправлении монастырской жизни которая, с течением времени, сильно ослабела. При таком внутреннем усилии, католическая партия приобрела новую надежду на окончательную победу в земле своего исповедания и внешними средствами как это произошло в соседних землях. Потому что, сохраняя то, что постановил в религиозных делах в Чехии цезарь Максимилиан, цезарь Рудольф почти в первые же годы своего царствования нашел в эрцгерцогстве австрийском средства к строгому ограничению распространению протестантства в границах, дарованных его отцом, которые тамошние сословия во многих отношениях преступили. Особенно в королевских городах все население было принуждено к действительному соблюдению католических церковных обрядов под страхом изгнания; это называлось католической реформацией. По примеру этого, некоторые католические владетели в Моравии и Силезии предприняли подобные же принудительные меры для обращения своих протестантских подданных в свою религию; и сколько известно, один подобный случай был в самой Чехии, где Юрий из Лобкович. высший гофмейстер чешского королевства, в городе своем Хомутове приход, бывший до тех пор протестантским, передал иезуитам и принудил граждан ходить в этот костел (1590). Еще более приверженцев приобрела в Чехии католическая партия, когда юный эрцгерцог Фердинанд штирийский, вскоре после вступления своего в управление, уничтожил всякую свободу, дарованную протестантам его отцом, и изгнанием всех духовных протестантов и назначением на их места католических совершенно ввел в своих землях католическую реформацию (1598, 1599).
Как в религиозных делах, так и в делах политических цезарь Рудольф сохранил вполне законное положение. Некоторые из его советников имели желание также учредить неограниченную монархию, по примеру испанской; сам же цезарь не был на столько этим заинтересован, чтобы дать на это свое согласие. Только в Моравии, самой отдаленной провинции, слышались в то время справедливые жалобы на уничтожение многих юридических обычаев; в Чехии земское устройство шло правильным путем, особенно когда во лаве высших правителей и судей земских стоял вышеупомянутый пан Вильгем из Росенберга, как высший бургграф пражский. Но Рудольф оказался строгим в защите прав короны, к чему представилась однажды необходимость из-за легкомысленного предприятия одного честолюбивого дворянина. Когда умер Вильгем Росенбергский (1592), высшего бургграфства после него домогался Юрий Лобкович, вышеупомянутый друг Иезуитов; видя же. что цезарь не имел намерения отдать ему эту должность, он хотел принудить его к этому особыми интригами. Назначенный. в качестве высшего гофмейстера, королевским комиссаром, для управления сеймом, собранным в 1593 году, он тайно, с несколькими помощниками, написал жалобу на управление цезаря, содержащую большей частью ложные обвинения, которая была внесена в сейм от имени всего панского и рыцарского сословия и, с дозволения Юрия, была публично прочтена тотчас по прочтении королевского предложения, с требованием, чтобы сейм сначала удовлетворил жалобам сословий, прежде чем согласится на требования цезаря. Когда цезарь не хотел на это согласиться, сословия, с помощниками Вильгема Лобковича, ушли из сейма, а с ними и сам Лобкович, так что сейм окончился в беспорядке. Но интриги Лобковича открылись и цезарь, предав его суду, где он предавал себя его милосердию, припомнил ему и другие скверные деяния, отнял у него имение и посадил в тюрьму. Соучастник Юрия, брат его Владислав из Лобкович, пред началом суда бежал из земли. Сословия же, рассмотрев это, довольно легкомысленное предприятие, согласились с императором, который обнаружил неосновательность этих жалоб.