Правильный ход правления цезаря Рудольфа, сохранявшийся несмотря на всю его медленность и другие недостатки, стал разрушаться только вследствие душевной болезни, в которую обратилась, наконец, давнишняя наклонность его к задумчивости. Сперва обнаружились у него в 1600 году признали помешательства, и он подозревая, что составляются заговоры на его жизнь, стал скрываться от людей, говорить безумные речи, сердиться то против людей, казавшихся ему подозрительными. то против себя самого. Это мрачное состояние его души продолжалось тогда несколько месяцев, вследствие чего остальные члены цезарского дома начали переговоры с папой, испанским двором и другими дружественными князьями о назначении старшего брата его, эрцгерцога Матвея, временным правителем на его место; но необходимость этого впоследствии прекратилась, когда Рудольф несколько поправился. Однако припадки сумасшествия повторялись в последующие года еще несколько раз, только на короткое время; и хотя в остальное время, когда не было припадков, цезарь сохранял ясность мыслей, так что он не дозволил отнять из своих рук власть, однако в его разговорах была с этих пор неопределенность, так что не все делалось по его ясному разумению, а частью было внушаемо ему советниками, которые старались снискать его доверие.
Этой-то переменой старались воспользоваться истинные и ложные ревнители католической веры при императорском дворе, для осуществления всех возраставших надежд. Первым плодом их стараний было издание в 1602 году нового мандата цезаря Рудольфа против пикартов, как в насмешку называли чешских братьев, содержание которого было таково, что со временем могло обратиться и на так называемое евангелическое исповедание; потому что в нем заключалась отмена компактата и постановлялось, что компактат, земское устройство и королевская присяга распространялись только на две прежние веры — утраквистскую и унионистов. Мандат этот произвел сильное волнение. Утраквистские сословия, на ближайшем сейме 1603 года, единогласно восстали против него, подстрекаемые главным образом Вячеславом Будовцом из Будова, знатным мужем из братской шляхты; они указывали, что этот мандат противоречил постановлениям цезаря Максимилиана о религиозных делах, и требовали, чтобы цезарь отменил его. Но это сопротивление было напрасно. У братьев, в силу мандата, был отнят главный их храм в Новом Болеславе; но так как провести высказанный в мандате принцип в больших размерах было в то время невозможно, без действительных усилий со стороны власти, то католическая партия в земле утешалась только большими надеждами в будущем. В то время архиепископ пражский Збинек Берка из Дубы решился, прежде всего, созвать духовный синод, по приказанию тридентского собора (1605); и в синоде и на соборе сильнее, чем где либо прежде, настаивали на введение католической реформации. В это время появился рассказ о Ярославе Борите из Мартиниц, который в своем Смеченском владении велел собаками гнать поселян в костел на иезуитские проповеди и не хотевшим принимать там причастия велел забивать его в рот насильно. Также обнаружились советы иезуита Ланоя и венского епископа Клесла, вытребованные от пражского архиепископа; таким способом могло быть совершено окончательное возвращение чехов к католической церкви.
Но это дружное начинание католиков было внезапно прервано возникшими возмущениями, которые потрясли самое основание австрийской монархии и привели с одной стороны, как казалось, к совершенной победе протестантов, исполнением всех их тогдашних требований, с другой стороны к усилений сословий на счет королевской власти.