Но этот поступок восстановил против цезаря нового неприятеля. Отнятие родовых земель у герцогов Мекленбургских послужило шведскому королю, Густаву Адольфу, предлогом к неприязненному вмешательству в немецкие дела; по поводу спора о наследстве в Мантуанском княжестве, французы начали войну с цезарем в Италии (1629); в Германии же прежний главный союзник цезаря, Максимилиан баварский, приготовлялся к вооруженному сопротивлению Вальдштейнову войску, для прекращения дальнейших обид. При таких обстоятельствах, чтобы избавиться, по крайней мере, хоть от одного неприятеля, цезарь заключил мир с королем датским в Любеке (1629, 22 мая), по которому, безо всякой для себя выгоды, возвратил ему все его земли. Когда же опасность от французов и шведов все более и более увеличивалась, он назначил немецким князьям, сейм в Регене (1630), на котором он надеялся склонить их на свою сторону, застращав их войском Вальдштейна, главные силы которого были расположены в Швабии. Сам Вальдштейн поселился в Мемингене, готовый напасть на князей по первому приказу цезаря. Но князья не хотели вступать ни в какие необходимые переговоры, пока цезарь не удовлетворит их, отставив Вальдштейна от должности главнокомандующего. Как раз, лишь только собрался сейм, Густав Адольф высадился в Помории (Померании) (4 июля) и начал открытую войну с цезарем. При таком опасном положении дел, Фердинанд II уступил князьям и отнял у Вальдштейна предводительство (1630, в сентябре); Вальдштейн, нисколько не лишившись милости у цезаря и не потеряв надежды на будущее, удалился в свои имения в Чехию.
Но, по удалении Вальдштейна, счастье оставило войско цезаря и католической лиги. Густав Адольф, овладев в течении одного года большей частью северной Германии и склонив на свою сторону многих протестантских князей и даже курфюрста саксонского, разбил старого, победоносного Тилли в огромном сражении при Брейтенфельде, близ Липска (Лейпцига) (1631, 17 сентября); после чего он сам повернул на запад к Рейну, чтобы овладеть собственными землями князей католической лиги, а курфюрсту саксонскому поручил напасть на земли цезаря. Поэтому саксонцы, под предводительством Арнима, бывшего офицера в войске Вальдштейна, вторглись в Чехию и, не встретив нигде сопротивления, впущены были, под договором, и в самую Прагу (11 января). Отряд цезарского войска, который под предводительством Готце и Морадаза прибыл для защиты из Силезии, разбит был Арнимом в битве у Нимбурга. Тогда прибыл в Прагу и сам курфюрст и пробыл там несколько месяцев, как в земле, навсегда присоединенной к его владениям. Под покровительством саксонцев, множество чешских эмигрантов возвратились в свое отечество и вступили во владение своими имениями. В числе их возвратились Генрих из Турна, находившийся теперь в военной службе короля шведского, и Вячеслав из Рунова, высший канцлер чешский при Фридрихе Пфальцском; сняв, с торжественной процессией, головы двенадцати друзей и приятелей своих с мостовой башни, они похоронили их в Тейницском костеле. Также были сделаны приготовления для возобновления в земле протестантских церковных обрядов. Прежде всего иезуиты были снова изгнаны из Праги и из других мест. Потом собран был в коллегии Карла синод из 35 евангелических и братских священников, которые издали воззвание к утраквистским сословиям о возобновлении консистории и академии, благодаря успехам саксонского оружия Густав Адольф распространил свою власть по большей части Германии употреблял все способы, чтобы присвоить себе владения цезаря на новых основаниях.
В такой опасности цезарь Фердинанд ожидал помощи только от Вальдштейна, просил его собрать и организовать новое войско и снова возложил на него предводительство, сделав его генералиссимусом всей римской империи, австрийского дома и испанской короны. Вальдштейн принял это звание только после долгих просьб и под тяжелыми условиями, по которым он приобрел вскоре неограниченную власть над войском, и сверх того, цезарь обещал вознаградить его за потерянное воеводство Мекленбургское, хотя бы из своих собственных наследственных земель. Лишь только он объявил, что намерен снова стать во главе войска, толпы солдат, жаждавших славы и добычи, устремились со всех сторон под его победоносное знамя. С Рождества 1631 года главная его квартира была у Знойма в Моравии. Но в течение зимы он уже расставил отряды своего войска по южной Чехии, препятствуя саксонцам проникнуть далее.