Сначала казалось, что он не считал это возможным, потому что нижнеавстрийским сословиям, побежденным не задолго до Белогорской битвы, он без затруднения подтвердил свободу их исповедания. Также он был связан своими отношениями к курфюрсту саксонскому, который помогал ему под условием, что это дело не касается религии, а только о подавлении политического возмущения. По этому первые преследования католиков касались только Кальвинистов и братьев, против которых был и курфюрст саксонский; а при первом частном (отдельном) преследовании евангелического духовенства старались прикрыться предлогом, что это касалось только участников восстания. Далее, в 1622 году, цезарь дошел уже до того, что отнял пражский университет у учителей — утраквистов и отдал его иезуитам, которые этим самым получили в свое управление или под свой надзор все городские школы в Чехии.
Когда военное счастье и за границами Чехии все более и более клонилось на сторону цезаря, созрел у него уже замысел, произвести и в Чехии такой же переворот в религии, какой некогда сделал он в своих прежних, Штирских владениях. Препятствия со стороны курфюрста саксонского были окончательно устранены, когда цезарь Фердинанд, в 1623 году, уничтожил свои обязательства в отношении его. отдав ему в залог 6 миллионов талеров и, Лужицу, в вознаграждение его военных издержек. Поэтому, уже в 1624 году, вышел мандат, по которому вообще все не католическое духовенство изгонялось из земли, а в городах и селах учреждалась, так называвшаяся, католическая реформация. Все костелы в земле переданы были в руки католических ксендзов не смотря на то, что большинство из них надо было призывать из чужих земель, преимущественно из Польши, и число их долгое время было недостаточно; население же было принуждаемо все более и более строгими мерами подчиняться церковным законам и действительно участвовать в католическом богослужении. Всякий, кто не признавал себя католиком, лишался гражданских прав и не допускался к занятию ремеслами или каким либо другим из городских занятий. Ксендзы католические не венчали не католиков и не дозволяли хоронить на кладбищах никого, кроме умерших в католической вере. За непочитание праздников, не соблюдение постов, не хождение в церковь налагался денежный штраф. При этом старые и новые католические владетели, принуждая в своих владениях простой народ к католической вере, делали с ним решительно все, что им было угодно: били, заключали в темницы, наконец, насильно гоняли в костелы. Только лица панского и рыцарского сословий не испытывали никакого прямого принуждения к перемене веры.
Но лишь только указ перестал предписывать выжидательные меры, как в городах приняли еще более насильственные меры. Из Праги, где большая часть жителей не согласилась добром переменить веру, сначала изгнаны были четыре самых именитых гражданина, потом 50, 70 еще других, чтобы этим примером устрашить остальных. В другие королевские города были поставлены солдаты, притеснявшие жителей всевозможными способами, так что они или бежали из городов, или переходили в католическую веру. Эти притеснения наполнили землю горем и бедствиями. В Лисе, когда пришло известие, что посланное туда войско уже приближается к городу, граждане сами зажгли свои дома и, захватив, кто что мог, отправились в добровольное изгнание. В округах Кауримском, а потом Градецком, поселяне взбунтовались против католических владетелей и ксендзов; они сожгли и разграбили несколько замков, но были побеждены войсками и спокойствие было водворено всевозможными постыдными казнями: вешали, рубили головы, колесовали, резали носы и уши и т. п.
Между тем за границей возникала война за войной. Мансфельд, побежденный сначала, к концу 1622 года получил новые средства от голландцев, так что вступил с новым войском в Германию и подстрекнул некоторых протестантских князей начать войну против цезаря и католических сословий. С ним соединился в 1623 году Гавриил Бетлен, получив также денежную помощь от голландцев, и снова вторгнулся в Венгрию, а потом и в Моравию. При этом чешским эмигрантам проживавшим в Германии или служившим войске Бетлена, представился случай попытаться возбудить своих соотечественников к новому восстанию в Чехии. Но Тилли снова победил неприятелей цезаря в Германии и князь седмиградский заключил новый мирный договор (1624). Но не прошло и году, как датский король Христиан, получив денежную и военную помощь не только от голландцев, но и от короля английского Якова I, тестя Фридриха пфальцского, а также и от французов, которые, под управлением кардинала Ришелье, снова начали интриговать против Габсбургского дома, стал во главе протестантских князей в северо-западной Германии и с огромными силами начал войну, какой еще до сих нор не было (1625).