Поражение на Белой горе не могло еще вести к полной победе над чехами. Войско их, хотя и рассеянное в то время, было еще довольно многочисленно для дальнейшего сопротивления и могло бы значительно усилиться вербовкой волонтеров в самой Праге, по крайней мере для защиты старого и нового города; 8,000 венгров, вновь посланных на помощь Гавриилом Бетленом, прибыли прямо в Брандиз; Моравия и Силезия были еще вооружены, только Лужица находилась уже в это время во власти курфюрста саксонского. Сверх того, еще Мансфельд стоял в тылу победоносного войска Максимилиана баварского, имея в своих руках Пльзен, Табор, Эльбоген и Фалькнов. Всем этим мог еще воспользоваться Фридрих Пфальцский. Но он, потерпев поражение, окончательно растерялся. Он просил у Максимилиана перемирия на 24 часа; Максимилиан давал ему только восемь часов и то с тем, чтобы он вперед отказался от королевства чешского. Тогда Фридрих вышел из Пражского замка в старый город; а на другое утро после битвы поспешно уехал из Праги в Бреславль, в Силезию; с ним отправились Ангальт, Гогенлоэ, Турн и другие главные его приверженцы. Сословия чешские, оставленные им, распустили теперь войско и предались вместе с Прагой милосердию победителя.
Воевода баварский пробыл в Праге только восемь дней, до приезда Карла из Лихтенштейна, князя опавского (тропавского), которому цезарь Фердинанд поручил управление Чехией, в качестве чрезвычайного, полномочного комиссара. Для его защиты Максимилиан оставил в земле только часть своего войска, под предводительством графа Тилли, которое, по обыкновению, сильно притесняло народ в Праге и других городах. За тем Бюкуа отправился в Моравию, где сословия, ободренные помощью от Габриэля Бетлена, продолжали еще сопротивляться. Только в конце 1620 года он окончательно победил их и после этого отправился далее, в Венгрию, против самого Бетлена. Между тем курфюрст саксонский принудил силезские сословия к переговорам во время перемирия, обещая им политическую и религиозную свободу, если бы они подчинились императору. Вследствие этого Фридрих пфальцский должен был оставить и Силезию (1621, 13 января) и сословия покорились, наконец, по так называемому саксонскому договору (28 февраля). Только Мансфельд оставался еще до сих пор в западной Чехии и царский двор вел с ним переговоры о сдаче Пльзена и других, занятых им, мест за денежный выкуп, для чего и заключено было с ним перемирие.
Вовсе это время императорский двор ничем не выказывал, как он думал поступить с побежденными зачинщиками чешского восстания и воспользоваться своей победой. Некоторые из главных участников восстания, боясь мести,, бежали из земли вскоре после Белогорской битвы; большая же часть ни о чем не заботилась, полагаясь на добрые речи воеводы баварского, перед отъездом его из Праги. Но, по прошествии трех месяцев после Белогорской битвы, пришли тайные приказания от императорского двора в Вене о заточении всех прежних дефензоров, директоров и других важных особ, которые участвовали в восстании. В один день и в один час, вечером 20 февраля 1621 года, все, проживавшие в Праге, были схвачены в своих жилищах, чрез несколько дней были привезены изо всей земли остальные и рассажены по различным тюрьмам. О бежавших обнародовано было решение, чтобы они предстали пред чрезвычайный суд, учрежденный в Праге, председателем которого назначен был князь Лихтенштейн. Всех захваченных было 48, а призывавшихся 30. В самом начале всеобщего смущения от этого распоряжения, вышел еще цезарский мандат (13 марта), по которому все кальвинистские и братские проповедники изгнаны были из королевства.