Во время этих военных операций, в Богемии и в иностранных советах неприятелей Фердинанда шли переговоры о возведении на трон другого правителя, так же как и о разделении остального владения Фердинанда и о перенесении немецкого императорства на другой дом. По желанию князей евангелической унии императором назначался Карл Эммануил савойский. Последний желал императорского достоинства не иначе, как вместе с королевством чешским. Об этом вышел спор, ибо чешской короны добивался молодой курфюрст пфальцский Фридрих, сын основателя евангелической унии и глава её после него. Кроме того искал короны чешской и курфюрст саксонский Ян Георг. К нему были благосклонны немецкие лютеране в Богемии, и между ними некоторые из главнейших вождей восстания, как Генрих Турн и Андрей Шлик; но большинство евангелических сословий, особенно чешские братья, как наклонные к кальвинизму, хотели Фридриха пфальцского воспитанного в духе того же исповедания. Когда перевес Фридриха стал очевиден, Карл Эммануил перестал помогать чешскому делу; Ян Георг обнаружил явное желание сблизиться с Фердинандом. Отсюда произошло то, что Фердинанд, отправившийся по уходе Турна от Вены во Франкфурт, где был созван сейм для избрания императора, единогласно был избран курфюрстами католическими и протестантскими императором, так что и Фридрих пфальцский не мог отказать ему в своем голосе, боясь остаться единственным его противником.
Напротив того Фридрих пфальцский избран был, ровно за день перед тем, королем чешским, на генеральном сейме всех земель чешской короны, (26 августа). После некоторого колебания, он согласился принять корону. Прибывши в Прагу, он короновался в костеле святого Вита. Из капитуляции предложенной Фридриху чешскими сословиями, он согласился с 4 пунктами, подчинявшими королевскую власть власти сословий. Этому избранию нового короля скоро стали противиться все паны и рыцари католические, за что были лишены занимаемых должностей и высланы из страны.
Вскоре после восшествия Фридриха на престол явился у чехов новый союзник, Гавриил Бетлен, князь седмиградский, который, желая воспользоваться затруднительным положением Фердинанда, вторгнулся в Венгрию и овладел всей верхней частью страны до границ моравских и австрийских. Для зашиты против него эрцгерцог Леопольд нассовский, в то время наместник Фердинанда в Вене, вызвал из Богемии в Австрию Бюкуа с его войском. За ним пошел Турн, предпринимавший вторую экспедицию в то время в Вене, и соединился с войском Бетлена для нападения на город. Бюкуа расположился против них перед длинным мостом через Дунай. Здесь завязалась страшная битва, продолжавшаяся до темной ночи, пока наконец, отступивши на другой берег Дуная, Бюкуа за собой сжег мост (24 октября). Но император возвратился вскоре за тем из империи и повел оборону Вены сам лично. Между тем на съезде в Пресбурге заключена была конфедерация между чехами, венграми и князем седмиградским и отправлено союзное посольство в Константинополь для заключения союза с Портой. Скверная осенняя погода, недостаток пищи и беспорядок в войсках Турна и Бетлена препятствовали успеху предприятия; наконец притеснение, которое испытал Бетлен от императорских приверженцев, по причине своего отсутствия из Венгрии принудило их обоих, не окончивши дела, отступить от Вены. Вскоре за тем Бетлен заключил в Пресбурге перемирие с Фердинандом (января 1620 г.), вследствие которого он был оставлен правителем восточной половины верхней Венгрии.
Император Фердинанд, употребил наступившую за тем зиму на собрание своих сил и на приобретение себе помощи от иноземных союзников. При дурном положении дел, грозившем опасностью обеим ветвям Габсбургского дома, король испанский Филипп III; предложил ему военную и денежную тоже помощь сделал папа, для охранения своей умалявшейся церковной власти. Двух других помощников Фердинанд приобрел пожертвованием некоторой части своих владений, для лучшего сохранения целого. Первым и значительнейшим был Максимилиан баварский, глава союза или лиги католических князей Германии, заключенной для защиты против унии евангелической; Фердинанд ему заложил верхнюю Австрию в вознаграждение за военные издержки, которые тот должен был понести для него. Другим был протестантский князь Ян Георг, курфюрст саксонский, которому Фердинанд обещал заложить земли чешской короны и верхнюю и нижнюю Лужицу. Король польский Сигизмунд III также обещал некоторую помощь из давней приверженности к австрийскому дому и из преданности римской церкви, хотя это и не нравилось шляхте его земли.