В королевстве чешском и в остальном владении отцовском, равно как и в немецкой империи, вступил на престол первородный сын Фердинанда II, Фердинанд III, будучи 29 лет от роду. Это был государь с умом ясным, самостоятельной волей и попечительный о благе своих народов. Он не имел таких враждебных мыслей относительно народа чешского, как его отец; говорил по-чешски и гораздо чаще своего отца пребывал в Праге. Мысли его часто витали в церкви святого Вита, где, если пелась старочешская песнь святому Вячеславу, то вместе с другими пел и он, притом так звучно, что голос его легко можно было отличить от других. Такому прекрасному государю не суждено было однако облегчить свою землю, потому что война, начавшаяся за Фердинанда II, продолжалась еще и в его владычество 12 лет и притом с гораздо большими поражениями, чем прежде, от которых королевство чешское потерпело более всех других земель Австрийской империи.
В феврале 1639 г. шведский воевода Баннер, но одолении императорских войск в северной Германии, открыл для себя другую дорогу к чехам. Вторгнувшись в страну из Мишен и осадив Дечин, Усти и Литомержицы, прежде всего объявил, что он намерен взять под свое покровительство протестантских жителей, из которых только несколько возвратилось с ним на родину. Потом запретил своему войску причинять вред протестантам, но позволил не милосердно губить все, что принадлежало католикам, т. е. почти что всему населению страны. Подошел даже к Праге, стрелял несколько дней в город, но без успеха. Потом обратился к конечной части страны, добыл разграбил и выжег города Нимбурк, Подебрады, Градец, Гору, Наслав и весь край на очень большом пространстве. После сего опять расположился перед Прагой на Белой Горе и намеревался обложить город, но видя решимость жителей к твердой обороне, не исполнил этого и обратился теперь к югу, к Будейовице и Прахенску; отсюда к Пизенску и Жатецку и снова в середину страны. Войско его, которого было 24,000 человек, всюду проявляло зверскую жестокость; так напр. князья католические были схвачены и убиты, костелы обесчещены, образа испорчены. Все, что можно было унести, неприятели клали на возы и на лодки и вывозили из земли большей частью по Эльбе; все же то, чего нельзя было унести, разрушали и уничтожали. Несколько тысяч деревень, местечек и городов было разграблено и выжжено. Люди безоружные нестройными толпами убегали в леса и горы, где от голода и холода умирали в огромном количестве. Так действовали шведы целый год, ибо обороны против них не было почти никакой, кроме малых отрядов императорского войска, которые большей Частью запирались в безопаснейших местах, и только кое-где происходили нерешительные стычки. Во время зимы собралось новое войско императорское из Кузы и Венгрии под предводительством брата императора эрцгерцога Леопольда Вильгельма и осадило южные части страны. Летом же 1640 г. оно ударило на шведов прежде всего в колике и силой принудило Баннера отступить к Мишену.
Во время этих великих забот, император Фердинанд III улучшил обновленное земское устройство прибавлением или объявлением нового положения, изданного 1-го февраля 1640 г., которым дозволялось сословиям действовать без предложения королю, во всем, что касается земских нужд, не касаясь особенных прав королевских.
В следующем году умер Баннер (1641). Новый военачальник шведский, Торстенсон, вел войну еще сильнее против императорских земель и прежде всего против королевства чешского. Уже в 1642 г. укрепился он в Слезне, взяв и укрепленнейшие места, потом в Моравии, где укрепился в Ольмюце. В 1643 г. вторгнулся в Чехию. Императорский главнокомандующий Галлас хотел ее защитить, расположившись в укрепленном лагере в Градце на Эльбе. Торстенсон, чтобы его выманить оттуда, направился в опасную, бесплодную страну, даже к Литомерицу и оттуда опять к Хрудиму, но когда не успел в этом, то отошел к Моравии и опустошил тут земли и Ракузу до самой Вены. По причине войны, которая в 1644 г. началась между шведами и датчанами, ему должно было как можно скорее отступить к земле короля датского, который соединился с императором; но его гарнизоны остались в Слезне и Оломуце. Галлас пошел за ним на помощь Дании; но поход этот кончился полным господством шведов и уничтожением войска Галласа, так что к концу года только 2,000 человек возвратилось в Чехию. Среди всеобщего страха император Фердинанд поспешил в Прагу, стал собирать зимой новое войско и приготовлять все королевство к обороне. Однако уже в феврале 1645 г. Торстенсон вторгнулся в страну чрез границы Мейсенские и поразил новое войско императора в Янкове близ Табора 16-го марта. Потом пошел к Моравии и обложил Брюнн и покусился вместе с Юрием Ракоцким, князем седмиградским, на Вену. Попытка эта не удалась, так как Брюнн отбился, но Слезна на всегда оставалась в руках шведов, натиском которых курфюрст саксонский принужден был снова наконец отделиться от союза с императором.