Наравне с дворянством умножалась сила и духовенства того времени. Церковные учреждения все более возрастали, благодаря щедрой заботливости князей, а позднее и могущественнейших дворян. В конце двенадцатого столетия было шесть правильно организованных капитулов в Чехии, частью при храмах, вторые сыздавна управляемы были пробстами, начальниками многочисленного духовенства и школ, получивших потом канонический устав, частью были вновь учреждены и организованы: именно капитул Пражской епископской церкви, первым учредителем которого был образованный пробст Марк, уроженец Германии, во время короля Вратислава; Мельницкий в славном городе св. Людмилы; Болеславский, подаренная князем Вретиславом I; Литомежицкий, патрон которой был князь Спитигнев II; Вышеградский, при церкви св. апостолов Петра и Павла, основанная королем Вратиславом и исключенная из епископской власти особенной папской привилегией, и Гадский, в любимом сельском местопребывании князей в лесах Олавниковичей, основанная князем Боривоем II после вторичного его вступления на престол, в честь св. Аполинария, которому он приписывал чудесное свое освобождение из плена.
К прежним трем монастырям бенедиктинского ордена в Бжевнове, Острове и на Сазаве присоединилось еще шесть других в различных областях страны: Опатовицкий на Эльбе близ Градца, Литомышльский на моравской границе, основанный в княжение Бретислава II (1093 — 1100), Кладрубский на баварской границе, основанный князьями Святополком и Владиславом I (1108 — 1115), Вилемовский в Чаславске графом немецким Вилемой из Сулзбаха, родственником княжны Рихсы, жены того же князя Владислава (около 1120 г.); Постолопертский — в роскошной долине Огерской, около того же года основанный; Подлажицкий — в Хрудимской области, основанный преподобным Вербатой, дворянином той области (1159). К женским Святоирским монастырям в Пражском замке присоединился еще один женский монастырь ордена св. Бенедикта в Теплице, в Билинской жупе, основанный королевой Юдитой, женой Владислава II (1156).
В правление Владислава II, еще когда он был князем, явились в Чехии два новые ордена премонстратов и цистерцианцев, которые за несколько времени перед тем получили начало во Франции, а оттуда быстро распространились по Германии. Владислав и тогдашний епископ Иоанн I, имея родовые имения в Быджовской области и в других местах, основали для Премонстратов первый монастырь на Страховской горе над малой Пражской стороной, поросшей еще тогда лесом (1139), и присоединили к ним потом два Бенедиктинские монастыря, прежний Литомышльский и только что основанный Желивский в ближнем лесу на моравской границе (1148). Позже чешский владетель (пан) Георгий из Милевска основал монастырь того же ордена в своей области (1184), а другой владетель из рода, считавшегося одним из славных родов, Грозната, любимец князя-епископа Бретислава III, основал Тепельский монастырь в Пелзенще (1197) и вступил в него в качестве пробста, отказавшись от мира по смерти своего покровителя. Также монахини премонстратского ордена в короткое время имели три монастыря в Чехии, в Доксанах у Литомежица, основанный первой женой Владислава II Гертрудой австрийской (1142), потом в Лауновичах (1149) и в Хотешове, основанный выше упомянутым Гразнатой. Цистерианцы имели один монастырь в Седльце, в Чаславской области, основанный дворянином Мирославом (1143), другой в Пласах над Модой, князем Владиславом II (1145). К нему присоединился монастырь того же ордена, основанный тем же владетелем в Полуце, а позже еще два, в Мниховом Городище, который основал Марквартиц Герман из Ральска (1177), и в Осеке, основателем которого был Славек Грабишич, главный камергер Пржемысла I, как о том сказано выше. В Сеземицах, в Хрудимской области, был женский монастырь того же ордена. Рыцарский орден Иоаннитов или больницы св. Иоанна в Иерусалиме, во время короля Владислава получил дом на малой Пражской стороне, на конце моста (около 1156 г.), а Грабишичи Вшебор и Еоята были первыми патроми рыцарей гроба Господня, которые в 1190 году получили пробство на Здераде Пражском подгородье. Число фарных и других местных церквей постоянно увеличивалось, они большей частью были учреждаемы королями или дворянами, которым поэтому сыздавна принадлежало право назначения должностей.
Церковное управление все лучше организовывалось частью старанием собственных епископов и людей, занимавших высшие духовные должности, частью принуждением со стороны папских легатов, которые со времени папы Григория VII чаще нежели прежде посещали Чехию и старались, чтобы новые папские постановления приводились в исполнение Для облегчения надзора над священством, епископ разделил Пражскую епархию на деканства, сначала по числу жуп; над деканами надзирали протоиереи которых было тринадцать; местопребывания их были в Праге, Ку жиме, Вехине, Горшове, Тыне, Пльзене, Рокичанах, Жатне, Вилине, Литомежицах, Руднице, Болеславе, Жирчиневиче и Градце над Лабой (Эльба).