По смерти епископа князя Бретислава Генриха князь Владислав III, который после него вступил на престол, представил чешскому дворянству и духовенству, собравшемуся на сейме, своего капеллана Милика и получил общее согласие назначить его епископом. При этом он объявил намерение не заботиться о нововведениях, выдуманных некогда императором Фридрихом, когда, не обращая внимания на право инвеституры, наследованное немецким императором, сам даровал новому епископу инвеституру, которую Милик, или епископ Даниил II, как он стал называться, принял от него охотно (1197). Незадолго перед этим, в том же году, умер в Италии могущественный император, Генрих VI, оставив малолетнего сына, которому достались королевские лены Апулия и Сицилия, под опекой папы, как ленного владетеля; но в Германии князья восставали против назначения его в императоры и предлагали двояко: одни хотели избрать родственника его Филиппа, герцога швабского, другие задумали совершенно отнять императорское достоинство от династии гогенштауфенской избранием Оттона IV, герцога брауншвейгского. Князь Пржемысл, вступивши на престол, по договору с Владиславом, в этом споре принял сторону Филиппа швабского, однако ж так, что Филипп обязан был установить права земли чешской на основании прежних договоров между императором Лотарем и Владиславом II и императором Фридрихом I (1198). Филипп признал закон, что королю немецкому не надлежит вмешиваться в избрание чешских князей, но кто бы ни был назначен самой страной, того и признавать без всякой платы; он возвратил князьям чешским королевский титул на все будущее время, кроме того отрекся от права доставления инвеституры пражским епископам, так что впоследствии это было исполняемо чешским королем. За это Пржемысл, принимавший участие в избрании его в короли и сам торжественно возложивший на себя корону, обещал ему помочь войском против Оттона Брауншвейгского.
Дружба эта однако ж продолжалась не долго. Ибо Филипп, продолжая спор, начатый Генрихом VI с папой приготовил себе врага в папе Иннокентии III, который стал тогда побуждать немецких князей, чтобы они приняли сторону Оттона IV (1201). Король Пржемысл последовал его желанию, и в 1203 году отправился в поход против Филиппа, как союзник Оттона, прежде всего на помощь Герману тюрингенскому, ландграфу. Филипп, заключившись в Эрфурте, был осажден и едва только спасся бегством. Затем мейсенские саксонцы вторглись в Чехию чрез Лужицкие горы до Большой скалы, страшно все опустошая; но они побеждены были мужественным Бенешем (Бенедиктом) Германовым, воспетым краледворским поэтом. Оттон IV возобновил теперь свободу, предписанную Филиппом гогенштауфенским, а сам папа Иннокентий III буллой подтвердил королевский титул чешских правителей (1204).
Но счастье не долго благоприятствовало партии Оттона IV Уже в 1204 году Филипп снова собрал свои силы и опять канал на Германа Тюрингенского, окружив сначала его город Вейсензее. Король Пржемысл отправился на помощь Ландграфу, однако ж должен был скоро отступить, когда Филипп, оставив осаду города, со всей силой обратился против него, и Оттон оставил в затруднении обоих своих друзей. В то же время, произошло, и в Чехии восстание против Пржемысла. Депольт и Собеслав, сыновья Депольта II, которые владел уделами в жупах Чаславской, Хрудимской и Вратиславской, пытались отнять у него правление. Предприятие это, как кажется, было тотчас же оставлено. Тем не менее Пржемысл, как и Ландграф Тюрингенский, и несколько других немецких князей, принуждены были передаться на сторону Филиппа, он заключил с ними договор и наконец вошел в новую дружбу, так что Филипп сговорил дочь свою Кунигунду за сына Пржемысла Вячеслава хотя оба обрученные были еще в колыбели (1206). Когда Филипп Гогенштауфенский в 1208 году, изменнически был умерщвлен в Бамберге, Пржемысл признал Оттона IV императором, но уже не вошел с ним в искреннюю дружбу. Оттон однако ж, не имея противника в государстве, нарушил скоро свои обещания, данные папе Иннокентию, и тем самым приготовил вражду последнего. Когда папа вызывал князей против него и требовал, чтобы они избрали императором Фридриха сына Генриха VI, уже взрослого (1210), Пржемысл, Отокар, а равно с ним Герман Ландграф Тюрингенский первые отказались повиноваться Оттону.