По смерти же Даниила (1214), управлявшего 16 лет своей епархией, назначен был епископом Андрей, пражский пробст, человек строгих правил и безукоризненной жизни, который без всяких рассуждений взялся сохранять права церкви, по обычаю, ценимому в стране. Хотя он не склонялся к ложной привилегии императора Фридриха I, определявшей полную независимость пражского епископства от князей чешских, однако ж, без сомнения принял также инвеституру от короля, которая уже юридически была перенесена на него от немецкого императора, и обратился скоро к королю с жалобой на худые обычаи, до сих пор бывшие, и когда просьба его не была исполнена, отправился в Рим (1216) и там, с согласия папы Гонория III, наследника Иннокентия, издал интердикт на Чехию или запрещение всех церковных служб, равно как и церковное проклятие на некоторых главных чиновников, которым он приписывал наибольшую вину во всех этих делах. Король, вследствие противодействия епископа, еще больше разгневался и лишил епископа его имений и доходов, при чем были уничтожены грамоты на освобождение пражской церкви, изданные предшествовавшими правителями. Если короли так поступали и каноники пражские и большая часть духовенства противились распоряжениям епископа и совершали божественные службы помимо его повеления. Но когда папа Гонорий, с полным значением апостольской власти, вышел на защиту действий епископа, так как это было дело церкви, и преследовал церковными наказаниями непослушное духовенство, то Пржемысл предложил мирное условие, которое после четырехлетнего колебания привело, наконец, к мирному съезду на границе Баварии против Австрии, на горе, называемой Шах, куда явились папский легат, кардинал Григорий Кресценцио, король Пржемысл, Леопольд VI, герцог австрийский, епископ Андрей и много других духовных и светских чинов (1221). Договором, здесь заключенным, признана была власть епископа назначать священников, хотя без нарушения права патроната отдельных лиц; король обещал епископу десятину с целой земли; подданные епископа освобождены были от всех земских работ, а епископу предоставлен суд над ними, равно как и над духовенством во всей стране.
Подобные льготы, но в меньшей мере предоставлены были и остальному духовенству — в отношении податных людей — большой привилегией, изданной королем Пржемыслом в 1222 году.
Однако ж все эти раздоры не окончились этим договором. От нового недоразумения епископ Андрей оставил Чехию, опасаясь за свою личность, и умер в Риме в 1224 году. Папа Гонорий заботился теперь о том, что бы в Чехии не был выбран такой епископ, который бы не заботился о сохранении того, что было достигнуто церковью в этой распре и содействовал тому, чтобы впоследствии пражские епископы были избираемы не на земских сеймах, но от капитулы своей церкви, как это было вообще в Германии, после окончания первых великих раздоров между папой и императором, начатых при папе Григории VII и Генрихе VI; равным образом приготовил то, что инвеститура назначаемая епископам прежде от немецких императоров, теперь давалась уже чешскими королями.
Во время окончания этих церковных раздоров умер брат Пржемысла, Владислав, маркграф моравский (1222). Несмотря на прежний обычай, в силу которого Депольтичи, как младшая линия Пржемыслова рода, должны были получить управление Моравии, король Пржемысл держал ее в своих руках, а потом отдал в удел второму сыну своему Владиславу (1224), а после его смерти (1227) третьему Пржемыслу. Перворожденного же Вячеслава I, которому поручил Пльзен, как удельное княжество (1225), еще при жизни своей повелел короновать вместе с молодой женой его Кунигундой, в Праге, в церкви св. Вита, епископу Могучскому Зигфриду (1228). При этом исполнили древний обычай возведения нового князя на каменный стол в Пражском замке и показывания ему башмаков и плуга Пржемысла; народ знал и чувствовал, что это произошло от гордости и пренебрежения народными правами и обычаями, ибо равнодушие к нему проявлялось в королевском доме и другими способами.