Лисандр старался избегать морского сражения с никогда еще не побежденным Алкивиадом, все еще превосходившим его числом кораблей. Но во время отсутствия Алкивиада он напал на помощника главнокомандующего, Антиеха, который сам потщился выманить его с позиции и вызвать на сражение и за то был разбит. Победа была незначительная, но имела то важное последствие, что афиняне вследствие этого лишили Алкивиада главного начальства. Лисандр воспользовался своим пребыванием в Ионии, чтобы в греческих городах Малой Азии привлечь к себе людей олигархического образа мыслей и побудить их к образованию политических обществ, обещав им, что с падением Афин народное господство прекратится и верховная власть перейдет в их руки. Этим он положил первые основания переворотам и олигархическим правительствам, впоследствии образовавшимся под его руководством. По мере возможности он теперь уже предоставлял им всякие выгоды, так что они были преданы ему всей душей. Поэтому, когда Лисандр в 406 году был отозван и на место его главнокомандующим назначен Калликратид, они встретили это новое назначение весьма неблагосклонно, несмотря на то, что новый главнокомандующий показал себя человеком храбрым и справедливым. Сам Лисандр вел себя в отношении Калликратида в высшей степени враждебно. С целью доказать спартанцам, что они без него обойтись не могут, он побуждал своих приверженцев в городах, чтобы они старались лишить Калликратида помощи своих государств, и отослал остаток денег, полученных им от Кира для флота, обратно в Сарды. Таким образом, Калликратид, явившийся без денег и не желавший слишком обременять города, пришел в большое затруднение. Чтобы дослать себе денег, ему ничего более не оставалось, как самому отправиться в Сарды к Киру. Но, несмотря на двукратное посещение, он не был допущен. Такое обращение с ним Кира еще более убедило его в мнении, что Спарта не должна унижаться перед варварами из-за их богатства, а должна употребить все меры, чтобы восстановить мир между греками, дабы они в союзе могли внушать страх варварам.
Вскоре после этого Калликратид был разбит афинским флотом при Аргинузах (сентябрь 406) и после храброго боя, смертельно раненный, утонул в море. Эта битва при Аргинусских островах замечательна еще тем, что по наущению олигархов из десяти афинских полководцев восемь были самым несправедливым образом приговорены к смерти за то, что они во время наступившей бури не спасли тех, которые потерпели кораблекрушение, и не собрали тел их, к чему они, впрочем, отдали приказание. Шесть из этих восьми полководцев, находившихся налицо в Афинах, немедленно были в самом деле подвергнуты смертной казни.
После смерти Калликратида как азиатские города, так и Кир отправили в Спарту посольство – просить, чтобы Лисандру снова передано было главное начальство над флотом. Так как по спартанскому закону один человек не мог два раза быть поставлен во главе морских сил, то спартанцы дали титул адмирала некоему Араку и послали вместе с ним Лисандра, так что в действительности последний один имел главное начальство. Кир опять самым щедрым образом стал поддерживать Лисандра; с юношеской теплотой он уверял его, что если отец не даст ему денег, так он употребит все свое собственное имущество, даже велит расплавить свой трон, сделанный из золота и серебра, и когда он отправился в Сузу к своему больному отцу, то предоставил Лисандру все подати своих городов и доверил ему свое наместничество.