После взятия Афин Лисандр отправился к Самосу для завоевания его и поручил своим друзьям, олигархам, позаботиться о разрушении стен и учреждении олигархического правления. Но так как стены не были разрушены и граждане сопротивлялись перемене правления, то Лисандр через несколько месяцев снова возвратился в Афины и при звуке труб велел разрушить стены и сжечь корабли, между тем как союзники, украшенные венками, предавались играм, точно праздновали в этот день начало свободы Греции. Затем Лисандр переменил правление, назначив в город тридцать олигархов, так называемых тридцать тиранов, и в Пире десять тиранов. Для подкрепления их власти он оставил спартанский гарнизон под начальством ар моста Калливия.
Устроив, таким образом, по своему дела в Афинах, Лисандр отплыл во Фракию и все остальные деньги (470 или даже 1000 талантов), подарки и венки, которые он получил, отправил через знакомого уже нам Гилиппа в Спарту. Гилипп был так же корыстолюбив, как и отец его. Он распорол снизу швы в мешках и украл государственные деньги. Но Лисандр без его ведома в каждый мешок положил по табличке с обозначением заключавшейся в нем суммы, а слуга Гилиппа намекнул исследовавшим дело эфорам о скрытых деньгах словами: «Под крышей спит множество сов». Тогда в обороте находилось множество афинских денег, на которых изображалась сова. Гилипп, чтобы избежать наказания, должен был оставить отечество. Вследствие этого воровства Гилиппа многие спартанцы объявили себя против ввоза в государство таких больших денежных сумм, потому что граждане портятся от этого; но Лисандр провел постановление, чтобы для государственных потребностей были употребляемы деньги из благородного металла, частное же лицо, которое будет уличено в обладании ими, подвергается смертной казни.
Лисандр был теперь самый могущественный и уважаемый муж в Греции; поэты воспевали его, города ставили ему памятники, строили ему алтари и устанавливали для него празднества с жертвоприношениями и пэанами, что до сих пор в Греции никогда еще не делалось в честь смертного. Вкушая такие почести, Лисандр охотнее оставался вдали от Спарты. Этим возбудил он зависть и опасения представителей Спарты, в особенности царей. Они охотно принимали жалобы от отдельных городов, и особенно от Фарнабаза, на его жестокость и грабежи, и призвали его обратно из Азии к ответу. Испуганный этим, Лисандр просил Фарнабаза объявить в письме все жалобы ложными. Фарнабаз действительно прочел ему такое письмо, но при запечатывании подменил его другим, раньше того написанным письмом противоположного содержания, которое Лисандр и привез с собой в Спарту. Обличенный таким образом эфорами, он не иначе мог избегнуть обвинения, как удалившись из Спарты, что он сделал, оправдывая свое удаление желанием принести жертву Зевсу Аммону в Ливии. Ко времени изгнания 80 тиранов из Афин Лисандр снова приобрел некоторое влияние, но затем он до смерти царя Агаса (397) жил в уединении, вдали от всяких дел.
Агис, оставив после себя сына Леотихида, у которого дядя его Агезидай, брат Агиса, оспаривал престол, потому что его принимали за сына Алкивиада. Лисандр поддерживал Агесилая, своего бывшего любимца, в надежде приобрести через него большее влияние. Агесилай, в самом деле, сделался царем, и когда он отправился в Малую Азию на войну с персами, Лисандр его провожал в качестве одного из 30 приставленных к царю советников (симвудов). Но так как Лисандр снова вступил в отношения с олигархами в разных городах и старался затмить молодого царя, то Агесилай, который никого не хотел терпеть над собой, намеренно старался унизить его, так что он, глубоко оскорбленный, просил о другом назначении. После кратковременной деятельности в Геллеспонте Лисандр возвратился в Спарту, ожесточенный против Агезидая и против царей вообще, которые так часто оскорбляли его честолюбие. Здесь он хотел привести в исполнение давно уже задуманный честолюбивый план – низвергнуть наследственное царство и сделать царское достоинство доступным всем Гераклидам или даже всем Спартиатам. Для этой цели Клеон Галикарнасский сочинил для него речь, которая, как говорят, была найдена Агесилаем в доме Лисандра после его смерти. Для поддержки своих смелых нововведений он искал также помощи оракулов в Дельфах, Додоне и Аммонова оракула в Ливии. Но его подкупы и все другие старания не удались, и он принужден был отказаться от своего намерения.