Приведя свой флот в хорошее состояние в продолжение зимы, Лисандр весной 405 года крейсировал в Эгейском море, доходя до Садамипа и Аттики, и затем отправился в Гелдеспонт против Лампсака, где стоял афинский гарнизон. Афиняне употребили свои последние силы для снаряжения большого флота и послали его в Геллеспонт под предводительством шести полководцев. Одним из этих полководцев был храбрый Конон; остальные же были предводители слабые и частью, как олигархи, находились даже в согласии с Лисандром. Войско их состояло из пестрой массы, без дисциплины и связи. Флот, состоявший из 180 трирем, стал на якорь близ Систа, у устья Эгоспотама, между тем как Лисандр стоял напротив, у завоеванного им Лампсака. Положение афинян было весьма невыгодное, так что появившийся в лагере Алкивиад убедительно просил их оставить это место. Но его не послушались и беззаботно остались против опасного Лисандра. Четыре дня подряд полководцы утром выводили свой флот в открытое море, предлагая Лисандру сражение; но так как последний не выступал против них, то они каждый раз возвращались назад и позволяли своим людям оставлять на прочее время дня свои корабли, чтобы предаваться разным развлечениям в лагере и на материке. Лисандр воспользовался этой беспечностью. На пятый день он приготовил свой флот к сражению и отдал приказ всем сделать нападение, как только передовые корабли, посланные на рекогносцировку, дадут знать, что афинское войско опять сошло на берег. По данному знаку пелопоннесцы бросились на афинские корабли, захватили к себе пустые и пустили ко дну те, которые тут же нагружались людьми. До морского сражения дело и не дошло; большая часть людей была истреблена на суше, а 3000 человек вместе с полководцами были взяты в плен. Один Конон, сохранивший порядок на своих кораблях, спасся с восемью триремами и бежал к Дипру. Кроме того, спаслись государственный корабль «Парал», который принес в Афины известие о поражении, и еще три отдельных корабля. Лисандр опустошил афинский лагерь, буксировал захваченные им корабли и при звуках труб и победных песен возвратился в Лампсак, где все пленные были преданы военному суду и осуждены на смерть. Эта жестокость возмутила всю Грецию, тем более что Лисандр не дал даже прилично похоронить павших, чего до сих пор не случалось даже в войне греков с варварами.
Сражением при Эгоспотаме силы Афин были разрушены. Лисандр переходил теперь со своим победоносным флотом из города в город, с жестокостью и насилием разрушал народные правительства и назначал в каждом городе правителями по 10 из своих олигархических друзей. Вместе с этими так называемыми декархиями (господство десяти) он оставлял в каждом городе спартанского наместника (армоста). Учредив таким образом повсюду олигархическое правительство и приготовив для себя почву к сильному правлению, он со всеми своими силами, 200 кораблей, отправился против Афин и расположился у Пирея. В то же время к воротам несчастного города явились с сухопутным войском царь Агис из Декелии и царь Лавзаний из Спарты, так что город был теперь заперт и с суши, и с моря. Лисандр во время своего медленного похода из-под Эгоспотама посылал всех афинян, встречавшихся ему на пути в Афины, угрожая смертью, если снова встретит их где-либо в другом месте. Он имел при этом в виду наполнить Афины так сильно людьми, чтобы они вследствие недостатка в жизненных припасах не могли долго противостоять осаде. Но, несмотря на это, город держался еще более трех месяцев, потому что спартанцы надеялись получить верную добычу без пролития крови, при помощи преданных им олигархов. Наконец весной 404 года, стесненный голодом и внутренним раздором партий, город принужден был сдаться Лисандру.
Когда Лисандр написал в Спарту: «Афины взяты», эфоры прислали следующее решение: «Лакедемонское правительство постановляет следующее: вы должны разрушить Пирей и длинные стены, оставить все города и сохранить только собственную область. Сделав это, вы получите мир, если дадите то, что от вас следует, и возвратите своих изгнанников. Что касается числа кораблей, то вы должны сделать то, что потребует Лисандр». Фиванцы и коринфяне требовали разрушения ненавистного города и превращения всей страны в пастбище; но этому воспротивились остальные союзники и сами спартанцы. Спартанцы хотели сохранить Афины в своих руках, чтобы иметь здесь опору против гордых фиванцев.