Центральным вопросом конференции был вопрос о еврейской эмиграции, хотя в связи с ним обсуждалось и общее положение российского еврейства. Был смешанный элемент трагедии и робости в обсуждениях этого миниатюрного съезда, на котором ни голос масс, ни голос интеллигенции не был услышан в полной мере. С одной стороны, конференция выслушала душераздирающие речи, рисовавшие невыносимое положение евреев; а один из делегатов, Шмерлинг из Могилева, только что произнесший такую речь, был так потрясен, что потерял сознание и через несколько часов умер. С другой стороны, наиболее влиятельные делегаты, особенно из столицы, боязливо оглядывались по сторонам, опасаясь, как бы правительство не заподозрило их в недостатке патриотизма.
Другие снова смотрели на эмиграцию как на незаконную форму протеста, как на «крамолу», и держались за это убеждение, даже когда конференции от имени министра внутренних дел было сказано, что ожидается рассмотрение вопроса о «прореживание еврейского населения в черте оседлости ввиду того, что евреи не будут допущены во внутренние правительства России».
На втором заседании конференции петербургский раввин доктор Драбкин доложил делегатам о своей последней беседе с Игнатьевым. В ответ раввину, заявившему, что евреи ждут императорского приказа о прекращении погромов и рассчитывают на снятие с них правовой инвалидности, министр охарактеризовал эти утверждения как «общие места» и добавил в раздраженным тоном: «В погромах виноваты сами евреи. Присоединяясь к нигилистам, они тем самым лишают правительство возможности укрыть их от насилия». Софизм министра был опровергнут на месте его собственным признанием, что балтский погром был вызван «ложным слухом, обвиняющим евреев в подрыве местной греко-православной церкви», иными словами, что причина балтского погрома следует отнести не к каким-либо тенденциям внутри еврейства, а скорее к агитации злонамеренных противников евреев.
На том же заседании обсуждение вопроса об эмиграции было отвлечено новым замыслом скользкого министра. Близкий к Игнатьеву финансист Самуил Полаков заявил в духе подлого лакейства, что работа конференции окажется бесплодной, если она не будет вестись в соответствии с «инструкцией правительства». По этому поводу он сообщил конференции, что в беседе, которую он имел с министром, последний заклеймил попытки поощрения эмиграции «подстрекательством к мятежу» на том основании, что «эмиграции не существует для русских граждан». На вопрос министра о том, как лучше всего уменьшить скопление евреев в черте оседлости, Поляков ответил: «Расселив их по всей России». На это министр возразил, что он не может допустить поселения евреев, кроме как в Средней Азии и во вновь завоеванном оазисе Ахал-Текке. эмиграции в чужие края, и серьезно рекомендовал конференции рассмотреть предложение Игнатьева. Предложение министра подверглось резкой критике со стороны д-ра Мандельштама, который увидел в нем новую попытку издеваться над евреями. Даже профессор Бакст, принципиально возражавший против эмиграции, заявил, что предложенная схема расселения евреев на самом деле сводится к «депортация в отдаленные места» и была равносильна официальному «причислению евреев к преступникам».
От проекта высылки, не встретившего сочувствия конференции, делегаты перешли к обсуждению острого вопроса о погромах. Было предложено направить к царю депутацию с просьбой к нему положить конец законодательным ограничениям, которые должны были внушать русскому населению веру в то, что евреи находятся вне рамок закона.
В вопросе об эмиграции за границу большинство участников конференции голосовало против учреждения эмиграционных комитетов на том основании, что последние могут создать впечатление, будто евреи желают покинуть Россию.
После прений, продолжавшихся четыре дня, были приняты следующие резолюции:
Во-первых, полностью отвергнуть мысль об организации эмиграции, как ниспровергающую достоинство русского государства и исторические права евреев на их теперешнее отечество.
Second, чтобы указать на необходимость отмены существующего дискриминационного законодательства в отношении евреев, эта отмена является единственным средством регулирования отношения еврейского населения к первоначальным жителям.
В-третьих, довести до сведения правительства пассивную позицию властей, которая ясно проявилась во время беспорядков.
В-четвертых, обратиться к правительству с просьбой найти средства для компенсации еврейскому населению, пострадавшему от погромов в результате недостаточной охраны полиции.
В то же время конференция воспользовалась случаем опровергнуть старое обвинение, вновь выдвинутое в губернаторских комиссиях, о том, что евреи все еще сохраняют свою древнюю автономную организацию «Кагал», что последняя действует тайно и способствует еврейскому сепаратизму в в ущерб другим элементам населения.