В 70-е годы XVII в. испанцы создали нечто вроде буферных зон между равнинными территориями и горными районами для защиты христианизированного населения равнин от набегов воинственных горцев. В буферных зонах располагались военные посты и миссионерские центры, получившие название «действующих миссий». Буферные зоны служили районом довольно интенсивного товарообмена между жителями равнин и горных областей, несмотря на существовавшую взаимную вражду. Однако все усилия «действующих миссий», направленные к обращению в христианство язычников-игоротов, приносили столь же малые результаты, как и попытки военной экспансии. Пропаганда христианской религии не имела успеха среди горных племен прежде всего из-за их социально-экономической отсталости, господства у них первобытнообщинного строя с соответствовавшими ему доклассовыми религиозными представлениями. Сказывалась и исторически сложившаяся изоляция горных районов, традиционная враждебность горных племен, в свое время оттесненных с прибрежных равнин миграциями более сильных переселенцев, к жителям равнинных территорий, усиленная колонизацией и христианизацией последних. Контролем над приходами и организацией миссий далеко не исчерпывались многообразные функции католической церкви на Филиппинах, претендовавшей на всеобъемлющее господство в колонии. Обладая экономической и финансовой самостоятельностью, юридическим иммунитетом, собственной системой административного управления, церковь представляла собой силу, почти независимую от колониальной администрации. Ее стремление к полному освобождению от всякого контроля со стороны светской власти, расширению политического и экономического влияния, увеличению возможностей эксплуатации народных масс не могло не наталкиваться на сопротивление колониальной администрации. В борьбе между духовными и светскими отрядами испанских колонизаторов, нередко в течение XVII–XVIII вв. принимавшей характер острых конфликтов, перевес, как правило, оказывался на стороне церкви. Пытавшиеся ограничить всевластие церковников генерал-губернаторы, обладая по существу абсолютной властью в колонии, тем не менее становились обычно жертвами изощренной мести церковных магнатов. В борьбе со светскими властями все фракции католического духовенства выступали единым фронтом. Церковники пользовались богатым арсеналом методов и средств для «усмирения» генерал-губернаторов, угрожавших их влиянию к престижу. Прибегали к отлучению от церкви, незаконным арестам, конфискации имущества (путем наложения секвестра), организации заговоров и убийств.
Один из драматических эпизодов в истории борьбы духовных и светских феодалов произошел в 60-х годах XVII в. Конфликт между генерал-губернатором Диего Сальседо и архиепископом Поблете разгорелся из-за попыток губернатора ограничить участие орденов в галионной торговле. В него вмешался комиссар инквизиции на Филиппинах августинец Хосе Саманьего. В 1668 г. он потребовал ареста генерал-губернатора и передачи его «дела» в суд инквизиции, обвинив Сальседо в склонности к протестантству, взяточничестве и тайных ростовщических сделках. На имущество губернатора (оцененного в 700 тыс. песо) был наложен секвестр, а сам он был схвачен в губернаторском дворце вооруженными монахами-францисканцами. Арестованного генерал-губернатора держали некоторое время во францисканском монастыре, прикованного цепями к стене, затем переправили в монастырь августинцев в Интраму-росе. Его имущество было расхищено орденами. Лишь в 1670 г. тяжело больного Сальседо отправили в Мексику; по дороге туда он умер. Под давлением светских властей действия Саманьего разбирались в Совете Индий. Примечательно, что Совет выдвинул по существу единственное обвинение в адрес комиссара инквизиции — действия без санкции мексиканского трибунала, не возражая в принципе против практики применения церковными властями таких мер в отношении представителей светской администрации, как судебные разбирательства, аресты и т. п. Саманьего был отстранен от должности и в 1674 г., подобно своей жертве, умер на пути в Мексику.
В XVIII в. церковь также неоднократно выступала против попыток ограничения ее влияния и произвола, столь же решительно расправляясь со своими противниками. Так, в 1719 г. в результате монашеского заговора был убит в собственном дворце монахом-францисканцем генерал-губернатор Филиппин Фернандо Бустаменте, сторонник усиления светской власти, арестовавший архиепископа и нескольких крупных церковных сановников по обвинению в коррупции и нарушении королевских указов.