Если в борьбе со светскими властями церковь действовала как монолитная сила, то в самом лагере церковников существовали острые противоречия между различными фракциями католического духовенства. Особое положение религиозных орденов в системе эксплуатации Филиппин вызывало недовольство секулярного духовенства. Начиная с первого манильского епископа Саласара католические прелаты старались подчинить ордена контролю архиепископа и епископов, которые официально представляли высшую духовную власть в колонии. Верховное руководство церковным управлением было передано епископам в конце XVI в. (по указу Филиппа II 1583 г.). В 1622 г. папа Григорий XV подтвердил приоритет власти епископов, которым предоставлялось право контроля как над выполнением религиозных функций, так и над всей деятельностью приходских священников. На практике же управление приходами, включая все сферы их деятельности (духовной, административной, хозяйственной, финансовой), целиком сосредоточивалось в руках руководства орденов, яростно сопротивлявшихся попыткам установления контроля со стороны епископов. Борьба между фракциями черного и белого духовенства проходит красной нитью через историю Филиппин XVII–XVIII вв. В конфликтах с орденами архиепископы и епископы нередко обращались к помощи светской администрации. В отдельных случаях представители белого духовенства заставляли монахов подчиняться центральной церковной власти, но в целом были бессильны подорвать могущество многочисленных и сплоченных орденских организаций.
Со второй половины XVII в. одним из предметов, вызывавших бурные споры и столкновения между представителями белого и черного духовенства, становится вопрос о подготовке кадров филиппинских священников, которые должны были быть допущены к управлению приходами. Учитывая малочисленность секулярных священников-испанцев и намереваясь использовать создание кадров филиппинского духовенства для ограничения влияния орденов, архиепископы и епископы, которых поддерживали светские власти, выступали за открытие духовных семинарий для подготовки священников из представителей местной имущей верхушки. Полемика между представителями белого и черного духовенства по вопросу о филиппинских священниках получила отражение в монашеской историографии. Основными аргументами, которыми пользовались монахи, были утверждения о расовой «неполноценности» филиппинцев, их врожденной интеллектуальной ограниченности и аморальности (последнее не мешало авторам, обвинявшим в нарушении добродетели филиппинцев, описывать многочисленные скандальные происшествия, связанные с моральным разложением их собратьев-монахов). Одним из ярых противников создания кадров местного духовенства был ученый-богослов, монах-августинец Гаспар де Сан-Аугустин. В 1725 г. появилось его сочинение, направленное против идеи подготовки филиппинских священников и привлечения их к управлению приходами. «Что будет, — восклицал этот монах, — если индио, а они все без исключения отличаются: леностью и безнравственностью, сможет подняться до такого поста?! И какое благоговение будут испытывать перед ним сами же индио, когда будут знать, что он одного с ними цвета, одной расы?.. Как они смогут подчиняться ему, когда поймут, что он ровня им, когда увидят, что и он не может быть ничем иным, кроме как грешником либо рабом?» Подобной расистской и колониалистской психологией проникнуто большинства монашеских сочинений.
Из-за сопротивления орденов осуществление планов по подготовке филиппинских священников растянулось на целое столетие. Первые семинарии для филиппинцев были открыты только в середине XVIII в. В 60—70-х годах XVIII в., в период административных и экономических преобразований на Филиппинах, создание кадров местных священников было одним из основных мероприятий, направленных к ограничению власти религиозных орденов. Архиепископ Санта Хуста-и-Руфина совместно с генерал-губернатором Раоном добились утверждения закона (в 1769 г.), по которому назначение и замена приходских священников не могли производиться без санкции архиепископов. По другому закону, было значительно расширено привлечение к управлению приходами представителей секулярного духовенства. С изгнанием с Филиппин ордена иезуитов (1768 г.), наиболее рьяных противников реформаторской политики Карла III и потому удаленных из всех колониальных владений Испании, их оставшиеся вакантными приходы в большинстве своем были переданы священникам-филиппинцам.