Теологическая стадия продолжалась до 1300 г. На этой стадии все явления рассматривались как результат действия многочисленных сверхъестественных сил. Теологическое сознание олицетворяет эти силы в виде власти племенных вождей, авторитета священников и военных. Но законы развития разума остановить нельзя, и они подрывают старую систему. Разрушение старого порядка занимает целую эпоху, которая определяется Контом как метафизическая стадия развития общества (господство философов и юристов), т.е. стадия распада прежнего общественного порядка. Эта стадия продолжалась с 1300 по 1800 г. «Метафизический дух» есть проявление сомнения, эгоизма, моральной испорченности и политического беспорядка. Это ненормальное состояние общества. Для того чтобы стать нормальным, обществу нужна интегрирующая идеология, которая выкристаллизовывается по мере развития научного познания. Таким знанием является позитивное (научное) знание, поэтому следующая стадия называется позитивистской. Для позитивной стадии характерно объединение теории и практики, преобладающее влияние промышленности на все общественные процессы. Новое общество должно отличаться победой альтруизма над эгоизмом, ростом социальных чувств, упрочением порядка и социального мира, переходом от военного общества к промышленно развитой системе. Но поскольку в нем сохраняются отрицательные черты, то задача науки – содействовать его очищению.
По мысли Конта, позитивизм стоит на пограничье между эмпиризмом (материализмом) и мистицизмом (идеализмом). Ни философия, ни наука не имеют права на постановку вопроса о причине явлений либо о сущности вещей. Уделом науки является не объяснение, а описание вещей. Наука в принципе не способна ответить на вопрос: «Почему?», она должна ограничиться констатацией фактов и отвечать на вопрос: «Как?». Лишь в этом случае наука может получить позитивное знание. Это должно касаться как частных наук, так и философии. Задача положительной философии состоит в систематизации конкретно-научного знания на основе рациональной классификации наук.
Рассуждать можно лишь на тему, как то или иное явление происходит. Основными признаками позитивного по Конту являются: 1) положительность, стремление «не разрушать, но организовывать»; 2) реалистичность, посвящение себя исследованиям, вполне доступным уму; 3) практическая полезность, способность улучшать условия нашего действительного индивидуального или коллективного существования; 4) достоверность, выраженная в способности самопроизвольно создавать между индивидуумом и духовной общностью многих логическую гармонию взамен бесконечных сомнений и нескончаемых споров; 5) степень точности, совместимая с природой явлений и соответствующая нашим истинным потребностям.
Употребляя термины «научный», «позитивный» как синонимы, Конт выражал то оценочное отношение к науке, которое сложилось в индустриальную эпоху. Именно в этот исторический период наука окончательно приобретает статус фундаментальной ценности культуры. К середине XIX в. революция в образовании утвердила в качестве его основы изучение фундаментальных наук. В этот же период намечается все более интенсивное применение научных знаний в производстве. Возникают технические науки как основа инженерной деятельности. Наука постепенно начинает обретать функции производительной силы общества.
В позитивизме превращение науки в фундаментальную ценность было истолковано в духе абсолютной автономии науки, ее независимости от влияния других областей культуры (философии, искусства, морали и т.д.). В этом и состоял замысел построения позитивной философии, которая должна была стать особой сферой конкретно-научного знания. Позитивизм стремился создать методологию науки, которая бы выявила законы развития научного познания, так же как это делают, допустим, физика, химия, биология, открывая законы в своей предметной области. При этом представлялось, что законы развития науки можно открыть, абстрагируясь от воздействия на научное исследование философии и, более широко, культуры, составной частью которой является наука. Как выяснилось в дальнейшей истории позитивизма, эта установка стала одним из непреодолимых препятствий на пути решения поставленной задачи. Оказалось, что развитие науки нельзя понять, игнорируя влияние на нее социокультурных факторов.
Поставив задачу исследовать процесс научного познания и открыть его законы, позитивизм был вынужден отвечать на вопросы: как понимается процесс познания, каковы его функции, как соотносятся чувственный опыт и научные понятия, и т.д. Иными словами, он должен был решать проблемы теории познания, которые всегда были частью философии. И хотя позитивизм декларировал преодоление метафизики, он принципиально не мог избежать обсуждения философских проблем.
В XIX столетии схожие с О. Контом идеи позитивизма развивали английские философы Дж. С. Милль и Г. Спенсер.