Пытаясь постичь сущность тотемизма, Фрейд обращается к вопросу о его происхождении. Заняв критическую позицию по отношению к существовавшим в его время теориям происхождения тотемизма:
Исходя из присущего высшим обезьянам чувства ревности, Дарвин предположил, что и человек первоначально жил небольшими группами, малыми ордами, в пределах которых ревность самого старшего и самого сильного самца не допускала полового смесительства. Эти условия дарвинской первобытной орды практически осуществляли экзогамию молодых мужчин. Каждый из изгнанных младших самцов мог основать такую же орду, в которой имело силу такое же запрещение полового общения, благодаря ревности главы. С течением времени из этих обстоятельств сложилось осознанное, как закон, правило: никакого полового общения с товарищами по очагу. С возникновением тотемизма это правило приняло другую формулировку: никакого полового общения в пределах тотема. Этим предположением, что первобытной формой человеческого общества была орда, в которой неограниченно господствовал сильный самец, Дарвин фактически утверждает примат происхождения инцеста над тотемизмом, что вполне согласуется с психоаналитическим опытом Фрейда.
В дальнейшем, идя от данной гипотезы Дарвина, основатель психоанализа попытался показать, что судьбы первобытной орды оставили в истории человеческой эволюции неизгладимые следы и в особенности, что развитие тотемизма, заключающего в себе зачатки религии, нравственности и социальной организации, связано с насильственным умерщвлением отца первобытной орды и превращением ее в братскую общину. Одной из реакций на отцеубийство было установление тотемистской экзогамии, запрещение каких бы то ни было сексуальных отношений с женщинами семьи. Вследствие этой экзогамии чувственные потребности мужчин должны были довольствоваться чужими женщинами.
В своем понимании происхождения тотемизма Фрейд исходит из аналогии, существующей между отношением ребенка к животному и отношением примитивного человека к животному. В детские годы ребенок еще не проявляет того высокомерия, которое побуждает впоследствии взрослого культурного человека отделить свою собственную природу от всякого другого животного. Бессознательно ребенок предоставляет животному полную равноценность. Однако в этом прекрасном согласии между ребенком и животным нередко наступает дисгармония. Ребенок вдруг начинает бояться определенной породы животных и оберегает себя от того, чтобы прикоснуться или увидеть животное этой породы. Возникает, по словам Фрейда, клиническая картина
Фобия обычно касается животного, к которому до того ребенок проявлял особенно живой интерес. Этот феномен — фобию животных у детей — Фрейд объясняет с позиции психоанализа так: страх по существу относился к отцу и только перенесся на животное. Ребенок переносит часть своих чувств с отца на животное. Ребенок находится в двойственной направленности чувств к отцу и находит облегчение в этом амбивалентном конфликте, перенося свои враждебные и боязливые чувства на суррогат отца. Однако сдвиг не может разрешить этот конфликт так, чтобы привести к полному разделению нежных и враждебных чувств. Поэтому конфликт переносится и на объект сдвига, в данном случае амбивалентность чувств передается и на животное.
Эту психоаналитическую картину Фрейд затем переносит и на тотемизм, который имеет две общие черты с психоаналитическими наблюдениями: 1) полное отождествление с животным тотемом; 2) амбивалентная направленность чувств к тотему. На основании этого сходства Фрейд изменяет формулу тотемизма: на место животного — тотема он ставит муж- чину-отца. И такая трансформация вполне правомерна, тем более, что примитивные народы называют тотема своим предком и праотцем. Исходя из этой замены, Фрейд и пытается объяснить тотемизм.