Но только такой труд, который не ведает отдыха, только неутомимое творчество и столь же неутомимые исследования наполняют для него жизнь смыслом. Работая над всеми этими новыми изысканиями, Грегоровиус занимался подготовкой и доработкой 4-го переиздания своей «Истории города Рима». Одновременно с этим он продолжал свои изыскания по средневековой истории Афин, и весной 1886 г. он наконец принял решение начать работу над «Историей города Афин в Средние века». Он, который всегда опасался, что отпущенный ему срок жизни не позволит завершить подобный труд, в свои шестьдесят пять лет ощущал в себе силы для столь масштабного труда. 14 марта Грегоровиус писал знакомым книгопродавцам, что побывал в Неаполе и Палермо, чтобы поработать в тамошних архивах и книгохранилищах. «Не могу отказать себе в удовольствии сообщить вам, что я успешно продвигаюсь по пути сбора дополнительных материалов к истории города Афин в эпоху Средневековья, над которой я работаю вот уже несколько лет. Эти наброски и материалы составят объемистый том и, хотелось бы надеяться, послужат небольшим, но весомым аналогом к «Истории города Рима в Средние века». А 13 мая он писал тому же издательству из Рима: «Я достаточно успешно завершил архивные изыскания в Неаполе и Палермо, но самое главное ожидает меня в Венеции, куда я намерен отправиться осенью. Видно, историю города Афин в текущем году завершить мне не удастся».
В июле, после возвращения в Мюнхен, Грегоровиус писал профессору Рюлю: «Надо признать, что вопреки моему желанию и без моего ведома один из моих знакомых распространил в газетах информацию о том, что я намерен приступить к написанию истории Афин. Между тем я вот уже несколько лет активно работаю над ней, и в общем и целом она уже практически написана. Спустя самое большее два года я надеюсь ее завершить. Этот труд сродни работе над мозаикой, от которой невозможно ожидать значительного и быстро результата. Одни лишь местные жители подбадривают меня, и над этим пустынным сном в летнюю ночь (читай: Афин в Средние века) один лишь Акрополь возносится в своем античном величии. В октябре я намерен на длительное время отправиться работать в государственный архив Венеции и ожидаю немало интересных сообщений от каталонцев из Барселоны.
В конце 1888 г. труд наконец был завершен. В июне 1889 г. он вышел в свет: в итоге получилось два солидных тома. Огромный труд, зиждущийся на твердом фундаменте, получил достойное завершение.
Рядом с внушительным «эпосом» «Истории города Рима в Средние века» новая книга являет собой скорее «Сон в летнюю ночь» франков, каталонцев и итальянцев, оказавшихся на священной земле Афин. Это — не грозные величественные события мирового масштаба, свойственные Риму, а приключения, напоминающие трагикомедию. «Своеобычная сущность Афин и Греции в эпоху Средневековья невольно вывела за рамки поля зрения историка величайшие проблемы человеческого бытия и общемировых отношений». Афины — это уже не крупнейший соперник Рима, игравший по меньшей мере тысячелетие эту завидную роль на берегах Босфора. Здесь нам встречаются куда менее значительные персонажи, но над всеми их поступками и делами сияет Акрополь и светится своей первозданной красотой храм Афины Парфенос. Величественный героический фон заключает деяния заурядных людей в великолепные рамки. И надо всем царит величественная трагика, трагика давно забытых миром древних героев, и само имя Акрополя не раз возвращалось из забвения и вновь становилось известным человечеству. Это придает произведению совсем особую, уникальную тональность, и мы смеем полагать, что лишь Грегоровиусу было по силам справиться со столь сложным материалом, творчески интерпретировать его и вдохнуть в него дыхание жизни.
Ему удалось показать со всей жизненной полнотой таких персонажей, как Михаил Акоминат и Никколо Аччьяйоли, и побродить с Кириаком Анконским по руинам былого великолепия Афин. Мы сопереживаем вместе с ним рискованные приключения компании каталанцев, которые в битве при Кефиссосе уничтожили цвет французского рыцарства. Мы видим при дворе деспотов Миситры весь цвет тогдашней византийско-франкской культуры, о котором и сегодня напоминает померкшее сияние этих средневековых греческих Помпей. Оказавшись на земле классической Греции, мы наблюдаем за борьбой между Византией и странами Запада, — борьбой, кровавый конец которой положили турки. В конце концов, речь идет не только о городе Афины, а обо всей совокупности греческих островов, которые также принимали участие в борьбе вокруг Акрополя. Все это расширяет рамки повествования. Так полагал, к примеру, Карл Круммбахер, основоположник византийской филологии.