Сперва медленно, а затем все быстрее и быстрее Грегоровиус приближался к своей новой большой работе. История города Афин в Средние века давно представлялась ему весьма и весьма привлекательной темой для большого исторического труда, однако о том, чтобы осуществить это самому, он еще никогда не задумывался. Но после возвращения на родину эта мысль стала все чаще занимать его. 30 августа 1880 г. он пишет тому же Тиле: «То средневековое варварское любопытство, с которым я жил и состарился, все чаще обращает мой взор на Грецию, и если в моем распоряжении еще осталось несколько лет, то ничто так не привлекает меня, как написание истории города Афин эпохи Средних веков. Подобной «Истории» просто не существует, и изучение истории все более приближает меня к этой работе в надежде, что она будет завершена». Тридцатилетняя война безвозвратно отступила на второй план перед этими греческими штудиями. И уже 29 ноября 1880 г. Грегоровиус сообщает другу: «В своих аттических штудиях я стремлюсь найти нечто большее, с тем, чтобы получить возможно большую интеллектуальную пользу от классического путешествия в Элладу, но в мои планы никогда не входило изучение Афин в эпоху Средневековья, для чего надобны совсем иные силы и совершенно иной человек. Я выбрал для себя лишь отдельные группы подобных штудий. К ним относится обзор князей (правителей) Афинских; к ним же относится и почти завершенный мною большой трактат, который я назвал «Mirabilia urbis Athenarium»[876]
. Мысль об этом пришла ко мне у монумента Лисикрата[877]. Я хотел бы попытаться сопоставить все те отражения и отсветы, которые Афины отбрасывали на воззрения людей, живших в эпоху Темных веков[878]. Здесь также особая одухотворенная концепция выражает личное впечатление от каменных следов далекого прошлого, как это редко случалось у ученого.С начала января 1881 г. Грегоровиус выступает в Мюнхенском университете с чтением своих «Mirabilia». Теперь его штудии все глубже уводили его к источникам по греческому Средневековью. Особым подспорьем для него послужили сочинения архиепископа Михаила Акомината, которые передал ему Ламброс. Достойно удивления, с какой быстротой и основательностью Грегоровиус углубился в материал доселе неизвестных ему источников. Еще в 1881 г. вышел в свет его труд «Афины в Темные века», представлявший собой своего рода ядро, вокруг которого впоследствии должны были группироваться материалы по истории города Афины в эпоху Средневековья. Но даже тогда Грегоровиус еще всерьез не помышлял о том, чтобы написать ее самому, а вновь и вновь пытался убедить Спиридиона Ламброса взять на себя этот труд.
Кроме того, ему все чаще представал образ греческой императрицы Атенаис-Евдокии. Уже в декабре 1881 г. ее «История» вышла в свет.