Въ 1626 г. пожаръ начался на Варварскомъ крестцѣ и въ рядахъ, откуда загорѣлся верхъ храма Василія Блаженнаго, а отъ него огонь распространился и на Кремль, гдѣ первая загорѣлась соборная церковь въ Вознесенскомъ монастырѣ, затѣмъ по сосѣдству въ Чудовѣ соборная церковь Михаилова Чуда и далѣе горѣло по всему Кремлю.
Въ началѣ XVII ст. въ монастырѣ существовали храмы: соборный Вознесенія и съ 1625 г. два предѣла — одинъ Аѳанасія и Кирилла, другой Михаила Малеина. Потомъ упоминается въ 1626 году предѣлъ у инокини Великой старицы Марѳы Ив., вмч. Екатерины, и въ томъ же году предѣлъ Ѳеодора, иже въ Пергіи, и затѣмъ Георгія съ предѣломъ Дмитрія Солунскаго (упом. съ 1625 г.). Тѣ же церкви существуютъ и въ 1792 г.
Когда и по какому поводу построена церковь вмч. Екатерины, точныхъ свѣдѣній не имѣемъ, но это воимя, Екатерининъ день, въ XVII ст. составлялъ второй большой монастырскій праздникъ послѣ Вознесенія. Церковь съ именемъ предѣла, что «у Великой старицы Марѳы Ив.», какъ видѣли, упоминается въ 1626 г. Повидимому, этотъ предѣлъ находился при соборномъ храмѣ монастыря, потому что въ день празднества со святынею приходилъ къ патріарху соборный протопопъ съ братіею, а упоминаніе, что предѣлъ находился у Великой старицы, можетъ указывать на нее, какъ на основательницу предѣла.
Въ 1686 г. церковь вмч. Екатерины вновь построена на воротахъ въ трапезѣ и освящена патріархомъ Іоакимомъ 24 ноября, въ присутствіи царя Ивана Алексѣевича и царевны Софіи Алексѣевны.
Въ 1694 г. окт. 15, вѣроятно по случаю обновленія, освященъ предѣлъ церкви Михаила Малеина, св. Ѳеодора, иже въ Пергіи.
Въ 1696 г. ноября 14 былъ освященъ возобновленный соборный храмъ Вознесенія, обновлены стѣны и пробиты окна. Изъ приказа Каменныхъ дѣлъ на это возобновленіе, на покупку каменныхъ, желѣзныхъ и всякихъ припасовъ и за дѣло, и оть письма святыхъ иконъ, было выдано 3.000 рублей (Записки Отд. Русской и Слав. Археологіи, томъ IV, стр. 351). Въ это время были возобновлены или построены вновь и разныя служебныя и жилыя зданія монастыря. Въ 1711 г. построена церковь Казанскія Богородицы по обѣту монахини княжны Іоанны Барятинской.
Въ 1722 г. эта церковь по какому-то случаю была разломана, но въ 1729 г. по челобитью княжны Синодомъ разрѣшено на томъ же мѣстѣ построить вновь церковь теплую, въ то же имя престолъ, которая и была сооружена въ 1730 г.
Въ 1731 г. съ сѣверной стороны соборнаго храма пристроенъ предѣлъ Успенія Богородицы надъ гробницею отца царицы Прасковьи Ѳедоровны, супруги царя Ивана Алексѣевича, боярина Ѳедора Петровича Салтыкова (1697 г.). Строителемъ былъ его сынъ, Василій Ѳед. Салтыковъ, Московскій генералъ-губернаторъ.
Другой предѣлъ пристроенъ съ южной стороны во имя Всѣхъ Скорбящихъ Радости въ 1732 г. надъ гробомъ царевны Прасковьи Ивановны, сестры императрицы Анны Ивановны, по усердію которой несомнѣнно и построенъ этотъ предѣлъ.
Въ 1737 г. опять обгорѣла соборная же церковь Вознесенія и особенно церковь Михаила Малеина съ предѣломъ, а также церковь св. Георгія съ каменнымъ рѣзнымъ образомъ св. Георгія и всѣ кельи, игуменскія и казначейскія на 13 саженъ и кельи монахинь на 97 саж., какъ и всѣ другія зданія.
Въ началѣ XIX столѣтія церкви св. Георгія съ предѣломъ Дмитрія Солунскаго, Аѳанасія и Кирилла и церковь Казанской Богородицы были упразднены. Престолъ Казанской Б-цы въ 1829 г. помѣщенъ предѣломъ въ новопостроенной въ 1817 году церкви Великомученицы Екатерины.
Въ 1521 г. іюля 28 случилась старая исторія — внезапно, никому невѣдомо, безвѣстно появился у Оки Крымскій царь Магметъ-Гирей со многимъ воинствомъ изъ всѣхъ низовыхъ Татарскихъ ордъ, съ Черкасами и Литвою. Его полки стали опустошать Коломенскія мѣста и въ разъѣздахъ достигали даже и подмосковнаго села Острова и выжгли монастырь Николы на Угрѣши. Москва сѣла въ осаду, попрежнему ожидая великой напасти. Въ городъ собрались всѣ посажане и пришлецы изъ уѣздовъ. По старому порядку вел. князь отправился на Волокъ собирать войско, строить полки. Заслышавъ, что собирается большая Московская рать, царь поспѣшилъ убраться восвояси. Сидѣвшая въ осадѣ Москва благочестиво приписала это бѣгство царя чудесному заступленію Богоматери и Моск. чудотворцевъ. Въ народѣ остались сказанія о многихъ видѣніяхъ по этому случаю.
Блаженный Христа ради юродивый