Въ 1680 г. Никоновская церковь во имя апостола Филиппа, была переустроена во имя 12 Апостоловъ. 29 мая патріархъ «указалъ церковь, которой быть во имя св. Двунадесятъ Апостолъ, что на патріаршемъ дворѣ, надъ вороты. Въ церкви своды и стѣны левкасомъ подмазавъ, прикрыть лазорью; въ средней главѣ внутри и отвнѣ письмо починить; иконостасъ сдѣлать столярный гладкій съ дорожниками, съ столбцами точеными; иконы мѣстныя, и двери царскія, и южныя, и сѣверныя, деисусы, праздники и пророки вновь написать; помостъ выстлать кирпичомъ муравленымъ; олтарь покрыть тесомъ, опаять бѣлымъ желѣзомъ и совсѣмъ тоѣ дерковь приготовить ко освященію».
Срокъ для исполненія этихъ работъ былъ назначенъ къ Рождеству Христову, того же 1680 г., но онѣ окончились только въ сентябрѣ 1681 г., когда 13 числа храмъ и былъ освященъ.
Для стѣннаго письма весь храмъ отъ верха до пола былъ подмазанъ левкасомъ и набитъ гвоздями, утверждавшими левкасъ. Иконописцы по левкасу покрыли лазорью звѣздами и
Мостъ-полъ церковный былъ выложенъ угольчатымъ муравленымъ кирпичомъ, муравленымъ съ обѣихъ сторонъ свинцомъ, котораго употреблено мягкаго 22 пуда.
Иконостасъ поставленъ сныцарской работы рѣзной, въ 11 арш. вышины и 15 арш. ширины.
Написаны и поставлены иконы: деисусъ — 15 иконъ, праздниковъ — 16, пророковъ — 15. Вмѣсто пояса или тябла праотцевъ поставлены 12 круговъ золоченыхъ съ изображеніемъ Христовыхъ Страстей, а посреди круговъ Распятіе съ предстоящими, слѣд. тоже 15 иконъ. Можно полагать, что съ этого времени по этому образцу стали поставлять вверху иконостаса Распятіе съ предстоящими и въ другихъ храмахъ, что потомъ водворилось повсюду и обозначило западное вліяніе на нашу старину. Въ числѣ мѣстныхъ иконъ поставленъ образъ Богородицы Боголюбской съ изображеніемъ на немъ въ моленіи апостола Филиппа и митрополита Филиппа, стоявшій въ прежней церкви Филиппа апостола; затѣмъ иконы: 12 Апостоловъ, Ильи Пророка, Трехъ Святителей Вселенскихъ, Трехъ Святителей Московскихъ. При освященіи церкви употреблены большія свѣчи налѣпы, числомъ 55, раскрашенныя красною и зеленою краскою.
Патріаршее мѣсто, стоявшее въ церкви Трехъ Святителей, было вызолочено и перенесено въ Новую Апостольскую церковь.
Какъ упомянуто, храмъ былъ обновленъ во всѣхъ частяхъ къ сентябрю 1681 г. Вмѣстѣ съ тѣмъ происходило поновленіе отъ верха до земли (худыя мѣста починены и все выбѣлено) во всѣхъ полатахъ, стоявшихъ между новымъ храмомъ и Крестовою полатою, въ томъ числѣ
Въ томъ же 1681 г. патріархъ указалъ сдѣлать и въ Трехсвятительскую церковь новый иконостасъ, для чего были подряжены золотари изъ царскаго дворца съ уговоромъ: иконостасъ позолотить и росписать три пояса, столбы и каптели и базики и рамы и дорожники всѣ позолотить краснымъ золотомъ на
Въ 1682 году 26 ноября случился пожаръ во Дворцѣ, великихъ государей
Послѣдній патріархъ, Адріанъ, вступившій въ этотъ санъ въ августѣ 24 числа 1690 г., также много потрудился въ переустройствѣ своего двора.
Съ началомъ весны 1691 г. онъ указалъ построить на своемъ большомъ дворѣ въ