Въ 1692 г. построены новыя каменныя полаты, гдѣ велѣно быть вновь Дворцовому приказу.
Въ 1694 г. переустроенъ Разрядъ, выходившій своими дверями и стѣнами на площадь, при чемъ большія двери на площадь задѣланы кирпичоыъ и сдѣланы малыя дверцы проходныя, а надъ ними стѣна проломана для свѣту и сдѣлано окно съ рѣшеткою.
Съ площади отъ воротъ кругомъ полатъ до воротъ, что подъ церковью 12 Апостолъ, забрать заборомъ въ столбы для того, чтобы близь окошекъ никто съ лошадьми не ставился.
Въ 1697 г. патріархъ указалъ купить на домовой
Въ томъ же году передъ Крестовою въ сѣняхъ, гдѣ дневать дворянамъ, сдѣлана особая полатка да передъ Пѣвческою полатою рундукъ каменный.
Лѣтомъ 1699 г. произведены различныя починки и передѣлки снаружи у церкви 12 Апостолъ, кровля которой покрыта новымъ желѣзомъ; а подъ церковью Трехъ Святителей задѣланы кирпичомъ старыя ворота, бывшія святыя, и подъ своды поддѣланъ столбъ каменный. Видимо, что церковь, простоявъ слишкомъ сто лѣтъ, ветшала и потребовала подпоръ. Въ 1763 г. она наконецъ обрушилась и была разобрана.
11-го августа патріархъ указалъ въ дому своемъ свою патріаршу Крестовую полату, вмѣсто старой тесовой кровли, покрыть вновь, опричъ сѣней, по старымъ желѣзнымъ стропиламъ, всю дощатымъ Свицкимъ желѣзомъ въ одну сторону полудя; и подъ кровлю подзоры сдѣлать противъ образца, какъ покрыта паперть передъ церковью 12 Апостолъ, на которой въ томъ же году поставлены новые кресты, желѣзные. Желѣза куплено 430 пудовъ, въ томъ числѣ 56 пудовъ у крестьянина Ивашки Забѣлина.
Патріархъ Адріанъ померъ 16 окт. 1700 г. На его мѣсто вступилъ блюститель патріаршаго Престола Стефанъ Яворскій, въ управленіе котораго уже не происходило никакого по личному вкусу перестройства въ зданіяхъ святительскаго двора. Производились только поправки и починки обветшавшаго. Такъ, зимою 1701 г. были починены изразчатые полы въ Крестовой и въ церкви 12 Апостолъ; вставлены вмѣсто попорченныхъ старыхъ муравленыхъ кирпичей новые угольчатые и четвероугольные, которые съ одной стороны зелены, муравлены свинцомъ, и работаны въ Гончарной слободѣ.
Изъ приведенныхъ выше свѣдѣній выясняется то обстоятельство, что на патріаршемъ дворѣ почти каждый новый хозяинъ устроивалъ и передѣлывалъ разныя помѣщенія, согласуясь съ своими личными потребностями и нуждами хозяйственнаго обихода и управленія. Перемѣщались кельи, переустроивались изъ старыхъ новыя полаты, для чего пробивали новыя двери и окна, задѣлывали старыя, переводились изъ полаты въ полату дворовыя служебныя учрежденія и т. д.
Вмѣстѣ съ тѣмъ выясняется, что обширный патріаршій дворъ представлялъ въ своемъ родѣ цѣлый городокъ, состоявшій изъ особняковъ каменныхъ и деревянныхъ, изъ полатъ и избъ, размѣщенныхъ во дворѣ, смотря по удобству и хозяйственнымъ потребностямъ.
Цѣльный, такъ называемый,
Церкви Трехъ Святителей, Соловецкихь чуд. (12 Апостолъ) также, какъ упомянуто, стояли особняками и соединялись съ жилыми помѣщеніями посредствомъ сѣней, переходовъ и своихъ папертей.
Полный составъ различныхъ жилыхъ помѣщеній патріаршаго дома упоминается по случаю расхода свѣчъ, которыхъ въ два мѣсяца на іюль и августъ 1686 г. было употреблено 1000 свѣчъ большаго литья и 2000 малаго литья, а именно: въ Верхъ свят. патріарха въ кельи, въ Крестовую, въ Столовую, въ кельи Казначейскія, іеромонаховъ трехъ, ризничаго, іеродіяконовъ двухъ и старцовъ: конюшаго, чашника, сушиленнаго, житнаго; въ полаты клюшника, ясельничаго и по службамъ на погребы, въ поварню, приспѣшню, скатертную, въ двѣ хлѣбодарни, въ квасо— и пиво-варню, въ полаты дворянамъ, и передъ Крестовую полату дневальнымъ; къ подьякамъ (пѣвчимъ), въ правильню, въ портномастерскую полату, въ Богоявленскую школу и за святѣйшимъ въ походы и на всякіе мелкіе расходы.
Съ упраздненіемъ патріаршаго сана настаетъ и постепенное запустѣніе патріаршаго двора, которому вначалѣ способствують и пожары 1701 и 1737 годовъ.
Самое жилище патріарха, его кельи, было оставлено пустымъ, такъ какъ Блюститель упраздненнаго престола, Стефанъ, пребывалъ на своемъ Рязанскомъ подворьѣ, гдѣ и скончался 27 ноября 1722 г.
При немъ до учрежденія Синода не произошло почти никакихъ перемѣнъ въ устройствѣ двора; производились только самыя необходимыя мелкія починки и то только въ Крестовой полатѣ, въ храмѣ 12 Апостолъ, какъ упомянуто о починкѣ пола въ этихъ зданіяхъ.