Ровно черезъ десять лѣтъ опять онъ попадаетъ и съ двумя сыновьями въ какія-то измѣнныя вины и дѣло опять оканчивается только новою клятвенною записью, по которой бояринъ съ сыновьями даетъ клятву не отъѣхать ни къ которому государю.
Грозный, какъ извѣстно, очень боялся боярской измѣны и отбиралъ такія записи по первому сомнительному поводу отъ каждаго знатнаго боярина, стоявшаго впереди другихъ. Однако за Мстиславскаго бояться было нечего: это былъ человѣкъ смирный и неспособный сдѣлать какое-либо рѣшителъное дѣло. Грозный, вѣроятно, очень хорошо зналъ это и не лишалъ князя своего прежняго родственнаго расположенія. Въ своемъ духовномъ завѣщаніи 1572 года онъ оградилъ его и со стороны пожалованныхъ вотчинъ, завѣщавъ сыновьямъ слѣдующее: «А что отецъ нашъ вел. князь Василій пожаловалъ кн. Ѳедора Мстиславскаго и что я придалъ сыну его кн. Ивану, и сынъ мой въ ту у него вотчину и у его дѣтей не вступается; а отъѣдетъ куда-нибудь, и та вотчина сыну Ивану».
Однако и послѣ этой милости по какимъ-то случаямъ снова возставалъ гнѣвъ царя. Въ страшныя времена безпощадныхъ казней, въ 1574 г., по свидѣтельству одной позднѣйшей лѣтописи (Исторія Соловьева, VI, 235, пр. 84, 94), царь Иванъ Васильевичъ «казнилъ въ Кремлѣ у
Изъ приведеннаго свидѣтельства видимъ, что гнѣвъ царя на бѣднаго боярина не унимался — головы казненныхъ и теперь, въ 1574 г., летѣли подъ его дворъ.
Но эти казни могли происходить и не у Пречистой въ виду Успенскаго собора, на Соборной площади, а у Пречистой на площади предъ Иваномъ Святымъ, какъ тогда именовался Иванъ Великій, которая впослѣдствіи стала прозываться Ивановскою площадью и на которую дѣйствительно въ то время выходилъ уже новый дворъ Мстиславскаго, такъ что головы казненныхѣ близко могли выбрасываться подъ этотъ дворъ, возлѣ котораго съ восточнаго его конца, близь Николы Гостунскаго, стояла церковь Рождества Пречистой Богородицы на Трубѣ, именовавшаяся и однимъ словомъ: Пречистая. Замѣтимъ, что дворъ Мстиславскаго, находившійся между дворомъ митрополита и дворомъ князя Владиміра Андреевича, могь выходить лицомъ къ собору, но этотъ дворъ въ 1566 г. былъ отданъ Владиміру Андреевичу, а казни происходили въ 1 574 г., когда Мстиславскій жилъ уже на своемъ новомъ дворѣ, у Рождества Пречистой.
По смерти Грознаго кн. Иванъ Ѳедоровичъ остался въ боярской Думѣ первымъ, а сынъ его кн. Ѳедоръ Ивановичъ пятымъ. Есть свидѣтельство, что Грозный именно Мстиславскаго съ Никитою Романовымь назначилъ опекунами къ сыну, царю Ѳедору. Но вскорѣ главнымъ опекуномъ молодого и неспособнаго царя явился его шуринъ, Борисъ Годуновъ, пролагавшій себѣ прямо путь къ престолу.
На этомъ пути упомянутые два человѣка ему очень мѣшали. Неизвѣстно, какъ было дѣло, но вскорѣ Романовъ заболѣлъ и въ 1586 г. померъ. Съ Мстиславскимъ Годуновъ сталъ жить въ великой любви и дружбѣ; назвалъ его себѣ отцомъ, а тоть его сыномъ; заодно радѣли о государевомъ дѣлѣ. Но это продолжалось недолго. Противники Годунова, другіе бояре, особенно Шуйскіе, подговорили (будто бы) перваго боярина стать заодно съ ними противъ Годунова и извести его. Бояринъ долго не соглашался, а потомъ рѣшился устроить пиръ у себя въ домѣ, позвать Годунова, тогда и убить его. Но заговоръ былъ открытъ и Мстиславскій былъ сосланъ въ Кирилловъ монастырь, постриженъ въ монахи и вскорѣ тамъ умеръ, въ томъ же 1586 году. Трудно повѣрить, чтобы Мстиславскій, смирный и всегда осторожный въ своихъ отношеніяхъ къ тогдашнимъ дворскимъ интригамъ и смутамъ, сдѣлался вдругъ заговорщикомъ и даже назначилъ свой пиръ и свой домъ для преступнаго злодѣйства. Нѣтъ сомнѣнія, что вся эта басня сочинена человѣкомъ, которому было надобно удалить перваго боярина, слѣд. самимъ Годуновымъ, очень хорошо знавшимъ только одно, что Мстиславскій не былъ на его сторонѣ, враждовалъ ему, а главное былъ первымъ въ Думѣ, и по старшинству, и по знатности рода, стало быть всегда служилъ помѣхою для пріобрѣтенія царскаго сана.
Имя кн. Ивана Ѳедоровича поминалось и при первомъ Самозванцѣ. Разсказывали, что Мстиславскій былъ ему, т.-е. истинному царевичу Дмитрію, крестнымъ отцомъ и лжецарь сохранялъ дорогой его крестъ, какъ прямое доказательство истинности своего царскаго происхожденія.
У князя Ивана Ѳедоровича было два сына и двѣ дочери. Младшій сынъ Василій померъ еще при Грозномъ въ 1582 г. Дочь Настасья также еще при Грозномъ была замужемъ за названнымъ царемъ Симеономъ Бекбулатовичемъ, которому Грозный передалъ царство, даже вѣнчалъ его царскимъ вѣнцомъ, назвавшись самъ простымъ государемъ (владѣльцемъ) княземъ Иваномъ Московскимъ. Все это дѣлалось во время Опричнины. Титулованная царица Настасья скончалась схимницею