В это время папа Вигилий не находился в городе. Когда предшественник Вигилия, Сильверий, смещению и изгнанию которого Вигилий так много содействовал, был в 538 или 540 г. уморен голодом или задушен на острове Пальмарии, церковь признала папой Вигилия. Вскоре между ним и императрицей Феодорой возникло несогласие, так как Вигилий отказался отменить решение папы Агапита относительно Анфина и секты акефалов. Кроме того, осуждение, высказанное Юстинианом некоторым положениям в учении Оригена, уже дало повод к спору о Трех Главах. В 545 или 546 г. Вигилий был силой взят в церкви Св. Цецилии, посажен на корабль и, сопровождаемый проклятиями римлян, отправлен в Константинополь, куда ему было предписано явиться императором. Вигилий долго оставался в Сицилии и находился еще там, когда Тотила обложил Рим. На этом острове римская церковь владела обширными имениями (patrimonia); Вигилий собрал в них хлеб и отправил его в гавань Тибра. Готы узнали об этом и у устья реки устроили засаду. Греки с крепости следили за готами и, увидав, что флот с провиантом направлялся к Порто, стали махать матросам плащами, давая им знать, что корабли должны повернуть обратно; между тем матросы поняли это махание как призыв подходить, и корабли приблизились; таким образом, весь сицилийский флот попал в руки готов. Попали в плен также и многие римляне, и в их числе Валентин, которого папа назначил в Сицилии епископом Сильвы Кандиды и отправил в Рим как своего викария. На допросе у Тотилы Валентин был обвинен готами во лжи, и в наказание за это несчастному отрубили обе руки. По счислению Прокопия, флот был захвачен в конце одиннадцатого года войны, т. е. весной 546 г.
К этому времени голод в Риме стал уже невыносим. Доведенные до полного отчаяния римляне обратились за помощью к дьякону Пелагию, человеку, пользовавшемуся большим уважением. Пелагий незадолго до этого вернулся из Византии, где был нунцием римской церкви, и роздал народу свое огромное состояние В отсутствие папы он заступил его место и охотно согласился идти послом в лагерь Тотилы, чтобы просить у него отсрочки осады, обещая, что город сдастся если до истечения отсрочки он не будет освобожден. Пелагий мог вспомнить о папе Льве, который некогда шел по той же самой дороге в Порто молить о милосердии короля вандалов Гензериха. Король готов принял достойного посла с почтением, но сделал излишними длинные объяснения, объявив ему вперед, что он на все согласен, за исключением трех условий: он не согласен внимать ничему, что будет говориться в защиту сицилийцев, в защиту стен Рима и о возврате перебежавших к готам рабов. Сицилия первая изменнически впустила к себе греков; стены Рима лишали возможности вступить в открытый бой в поле и заставляют готов тратить свои силы, а римлян терпеть лишения, вызываемые осадой, наконец, обещание, данное рабам, бежавшим из города, не должно быть нарушено. Тяжело вздохнув, Пелагий вернулся в Рим.
С воплями собрались тогда римляне и избрали депутатов, которые должны были пойти во дворец правителей. Речь этих депутатов дышит ужасом голодной смерти: «Римляне умоляют вас поступить с ними не как с друзьями, которые равны вам по своему происхождению, не как с согражданами, которые живут под теми же, как и вы, законами, а как с побежденным врагом и с пленными, обращенными в рабство. Дайте же вашим пленным кусок хлеба! Мы не просим вас, чтобы вы хорошо кормили нас; нет, мы просим только куска хлеба, чтобы мы могли поддержать нашу жизнь, работая на вас, как подобает рабам. Если вам наша просьба кажется чрезмерной, дайте нам возможность свободно уйти и избавьте себя от труда зарывать в землю ваших рабов; наконец, если и это наше желание вам покажется неумеренным, сжальтесь над нами и предайте нас всех смерти!» Вессас отвечал: пищи для них у него нет; отпустить их опасно, а убить — безбожно; Велизарий должен скоро освободить Рим, — и отпустил несчастных, бессильных депутатов, которых с нетерпением в тупом отчаянии ждал изнуренный голодом народ.