В 575 г. Клеф, которому досталась корона убитого Альбоина, умер и беспорядочное государство лангобардов было поделено между 36 герцогами. В то время, когда один из них, Фароальд, первый герцог Сполето, осаждал Рим, Бенедикт умер 30 июля 578 г. Его преемником был Пелагий II, сын Винигильда, римлянин готского происхождения; вследствие осады города он был посвящен в папы 27 ноября, помимо утверждения императора. Трудное положение Рима требовало скорейшего избрания духовного главы еще и потому, что в городе не было ни герцога (dux), ни magister militum. Нам вообще неизвестно, какими средствами защищался в то время Рим и принимала ли участие в защите города городская милиция наряду с небольшим числом наемных греческих солдат. Мы думаем, однако, что осада Рима положила начало воинской организации граждан. Таким образом в эту эпоху римляне силою своего оружия некогда покорившие мир, вернулись к своим первоначальным традициям; пережив долгий и беспримерный упадок духовной энергии и как бы не имея за собой никакой военной истории, они приступили к созданию небольшой гражданской милиции.
Осажденный Рим или, вернее, его епископ, силой обстоятельств поставленный в положение заступника города, а вскоре затем и его главы, обратился с мольбами о помощи к византийскому императору. Торжественное посольство, состоявшее из сенаторов и священников, с патрицием Памфронием во главе, явилось к императору и положило к подножию его трона просьбу Рима и 3000 фунтов золота. Но персидская воина поглощала в то время все силы империи на востоке; поэтому император ограничился тем, что отправил небольшие отряды в Равенну, которая была для него важнее Рима, отклонил денежный подарок и посоветовал употребить его на умиротворение лангобардских королей-военачальников. Уплатив выкуп врагу, римляне заключили с ним договор, и Зото, герцог Беневента, через Лирис увел свое войско домой.
Прекрасная Кампанья была совершенно опустошена беспощадным врагом, Аквино был сожжен, а монастырь Монте-Касино разрушен. Зото напал на монастырь ночью; несчастным монахам удалось, однако, бежать в Рим и унести с собою автограф устава своего святого. Пелагий дал им приют рядом с Латеранской базиликой, и здесь они учредили первый в Риме бенедиктинский монастырь. Он был посвящен Евангелисту и Крестителю Иоанну, а так как позднее литургию в церкви стали совершать бенедиктинцы, то базилика Константина получила от монастыря свое название церкви Иоанна Крестителя. Первым аббатом монастыря был Валентиниан. В течение 140 лет Монте-Касино представлял одни развалины, вновь же учрежденный в Риме бенедиктинский монастырь достиг за это время расцвета, но затем пришел в упадок и был восстановлен уже в VIII веке Григорием II.
Еще до того времени, когда бежавшие от лангобардов бенедиктинцы нашли приют в Риме, был учрежден, как мы уже говорили, Григорием, одним из самых уважаемых патрициев, монастырь на Целии. Пелагий понял, что человек этот должен иметь в будущем значение; вызвав Григория из монастыря, он отправил его нунцием к византийскому двору, с которым надлежало восстановить доброе согласие, так как Пелагий был посвящен в папы без утверждения императора. В лице апокризиария или постоянного посла римская церковь имела своего представителя как в Равенне при экзархе, так и в Византии при императоре (таково начало института нунциев), и мы видели, что этот выдающийся пост мог считаться последней ступенью к престолу Петра. Вероятно, Григорию уже довелось быть в Константинополе в составе того посольства, которое в 579 г. искало помощи против лангобардов. Здесь, как при самом дворе, так и между наиболее влиятельными знатными людьми, Григорий приобрел могущественных друзей; таковы были дочь Тиверия императрица Константина, Феоктиста, сестра Маврикия, и сам Маврикий, ставший в августе 582 г. императором.