Одно замечательное письмо папы Пелагия к Григорию показывает, что последний находился в Константинополе еще в 584 г. Уступая настоятельным просьбам нунция помочь Риму, в который за это время не было послано ни одного императорского военачальника, Маврикий отправил наконец в Рим герцога Григория и в качестве magister militum Кастория, вследствие чего наступательные действия врагов были приостановлены на три года. Договор об этом был заключен в 584 г. Смарагдом, преемником Лонгина в экзархате, и королем Автарисом, которым только что было восстановлено государство лангобардов. Мир, однако, был вскоре нарушен, и Пелагий писал Григорию, убеждая его совместно с епископом Себастианом, которому было поручено доставить просьбу в Константинополь, просить императора о самой скорой помощи. «Итак, вступите в переговоры, — писал Пелагий, — и постарайтесь оба прийти нам на помощь в нашей опасности как можно скорее. Республика в таком безвыходном положении, что мы обречены на гибель, если Бог не смягчит сердца благочестивейшего императора, чтоб он мог пожалеть своих верных слуг и выслать сюда magister militum и герцога. В особенности римская земля нуждается в каком-нибудь гарнизоне. Между тем экзарх писал, что он не может оказать нам помощи, и клянется, что у него нет достаточных средств даже для защиты своей области: Да внушит ему Бог оказать нам скорую помощь, прежде чем войско безбожного народа будет в состоянии занять те города, которыми еще владеет республика».
В таком совершенно беспомощном положении была в то время древняя столица римской империи. Греческие императоры, занятые борьбой со все еще передвигавшимися славянскими народами на Дунае и могущественными персами на Востоке и затем ослабляемые внутренними революциями, предоставили Италию ее собственной судьбе. Поэтому римский епископ уже с того времени стал обращать свои взоры на запад, где Хлодовиг в 486 г. создал в Галлии на развалинах империи могущественное королевство франков. Этот народ со времени обращения своего в христианство исповедовал ортодоксальную католическую веру. Папы видели в нем будущую опору церкви и уже называли Хлодовига христианнейшим королем и вторым Константином. В замечательном письме Пелагия II к Авнахару, епископу Оксерра, совершенно определенно высказывается мысль, что правоверные франки призваны Провидением спасти Рим из рук лангобардов. В это же время и император Маврикий вел деятельные переговоры с королем франков Хильдебертом, склоняя его к войне с лангобардами. В 584 г. Хильдеберт уже вступил с войском в Италию но затем заключил с Автарисом мир и вернулся обратно.
Вскоре, в 584 г., Григорий был отозван со своего поста в Византии и заменен архидиаконом Лаврентием. Вернувшись в Рим, Григорий снова поселился в келье своего монастыря на Целии и покинул ее уже только тогда, когда ему пришлось занять престол Св. Петра.
События последующих лет нам неизвестны, так как хроники того времени, односложные и такие же смутные, как оно само, упоминают только о тех бедствиях, причиной которых были стихийные силы природы и чума. В конце 589 г. Тибр затопил часть города и разрушил много древних храмов и памятников, находившихся, как полагают, на Марсовом поле. Епископ Григорий Турский посылал тогда какого-то диакона в Рим получить мощи. Рассказ этого диакона о том, чему он был очевидцем, равно как и его собственные удивительные добавления, епископ включил в свою историю франков. «Тибр покрыл город таким огромным количеством воды, — пишет епископ, — что древние здания обрушились и церковные житницы были уничтожены».
Еще ужаснее были опустошения, которые произвела чума, но она обнаружилась уже позднее, в начале 590 г., во всех тех местах, которые, подобно Риму, подверглись наводнению. Эта ужасная болезнь, названная латинскими писателями lues inguinaria, не переставала опустошать европейские страны с 542 г. Возникнув в Египте, в Пелузийских болотах, чума неожиданно появилась в Константинополе и затем, как это, по-видимому, обыкновенно бывает в эпохи великих народных переворотов, стала распространяться по тем местностям, где происходили войны. Едва ли в какое-нибудь иное время «черная смерть» наводила на людей такой ужас, как тогда. Прокопий и затем Павел Диакон подробно описали это бедствие. Свирепствуя во всякое время года, чума убивала одинаково и людей, и животных, не представляя вместе с тем опасности заражения через прикосновение. Потерявшим всякое самообладание людям казалось, что в воздухе слышны звуки труб, что на домах появляется ангел смерти, а по улицам носится демон чумы с привидениями и мгновенно поражает смертью каждого встречного. Но смерть не всегда наступала мгновенно; нередко болезнь длилась три дня. Больные умирали, погруженные в глубокую спячку или пылая от внутреннего жара. При вскрытии трупов оказывалось, что внутренности покрыты нарывами, а в самих опухолях содержалось вещество черное, как уголь.