В это время папа снова был вовлечен в столкновение с греческой церковью, стоявшее в связи с дворцовой революцией в Константинополе. Ираклий Константин вступивший на престол по смерти своего великого отца Ираклия в 641 г., четыре месяца спустя после того был отравлен своей мачехой Мартиной и, как полагали, монофелитским патриархом Пирром. На престол тогда вступил сын Мартины Ираклеон; но в народе произошло возмущение и оба виновника должны были искупить свою вину: они были жестоко изувечены и изгнаны. После того был провозглашен императором сын Ираклия Константина, Констант II; Пирр бежал в Африку, а его место занял Павел, еще более ревностный последователь учения об одной воле. Многочисленная секта монофелитов вышла из школы аббата Евтихия, учившего, что Христос представляет единое естество, происшедшее из воссоединения божественного и человеческого естеств. После того, как доктрина монофизитов была осуждена, греческая софистка снова вернулась к тому же вопросу, придав ему иную форму. Разделение двух естеств не оспаривалось, но принималось, что оба они нераздельно слиты в одной воле — monon thelema. Константинопольский патриарх Сергий, александрийский Кир и сам Ираклий высказались за такое теологическое понимание; но начавшиеся затем волнения принудили императора издать в 638 г. свой эдикт-эктезис, который, однако, был все-таки отвергнут папой Иоанном IV Последователи христианства разделились на два лагеря, которые вели между собой страстную борьбу: Восток держался эктезиса, а Африка и весь Запад остались верны ортодоксальному учению Рима. Что касается Пирра, то он, притворившись побежденным на африканском соборе красноречием аббата Максима, не только отрекся от монофелизма, но еще и сам отправился в Рим, чтоб удостоверить у гроба апостола свое возвращение к ортодоксальной вере.
Появление кающегося константинопольского патриарха у гроба св. Петра было немалой победой римского епископа. Пирр добровольно покинул свое место и канонически не был низложен. В своих письмах к епископам, которые возвели Павла в сан патриарха, папа ставил это обстоятельство им в вину. Пирру была оказана торжественная встреча в ватиканской базилике, в присутствии духовенства и народа, и было поставлено для него возле главного алтаря епископское кресло. Для римлян, национальная гордость которых могла находить удовлетворение уже только в сознании первенства их папы и их церкви, это зрелище было победным торжеством. Без сомнения, Пирр надеялся сближением с Римом вернуть себе свое место патриарха и лицемерил все время, пока не убедился, что достигнет своей цели скорее тогда, когда примирится с императором. Приняв приглашение экзарха приехать к нему, Пирр покинул Рим и затем нанес оскорбление римской церкви, совершенно неожиданно отрекшись от своего раскаяния и вернувшись к учению монофелитов. Узнав об этом, Феодор созвал собор в базилике Св. Петра и осудил еретика-отступника. Произнесение этого приговора было обставлено совершенно особыми внушительными церемониями. Стоя у фоба апостола, папа взял в руки чашу, влил одну каплю «крови Христа» в чернила и ими подписал анафему.
Возможно, что проклятие римского епископа было не вполне безразлично для Пирра и нарушало его покой, когда он, по смерти Павла, снова занял свое место в Константинополе. Патриарха Павла Феодор также предал анафеме; защищая с таким мужеством римское вероучение, этот папа умер 13 мая 649 г. Феодор оставил городу немного построек; им, вероятно, была только окончена латеранская часовня, начатая его предшественником, да еще построена в Латеране часовня Св. Себастиана. Затем им были построены или реставрированы две церкви вне города — церковь Св. Валентина на кладбище у Фламиниевой дороги, недалеко от Мильвийского моста, и церковь Св. Евпла за Остийскими воротами, вблизи пирамиды Кайя Цестия. Обе эти церкви погибли; первая была разрушена, вторая, вероятно, превращена в церковь S.-Salvator in Via Ostiensi.
2. Мартин i, папа, 649 г. — Римские соборы против монофелитов. — Покушение экзарха Олимпия на жизнь Мартина. — Феодор Каллиопа силой увозит папу, 653 г. — Смерть Мартина в изгнании. — Евгении, папа, 654 г.
Борьба с монофелитами была в полном разгаре, когда умер Феодор, и его преемнику довелось стать жертвой ненависти византийского патриарха.