Мартин I, происходивший из умбрийского города Тудертума, ныне Тоди, и бывший раньше нунцием в Константинополе, вступил на престол Петра уже в июне или июле 649 года. Римское духовенство совершило над ним посвящение раньше, чем было получено императорское утверждение и новый папа выступил решительным противником греческой церкви. 5 октября он созвал в Латеране собор, на который съехалось из городов и с островов Италии 150 князей церкви. Предстояло обсудить «typus», или эдикт, который был издан Константом II в 648 г. и которым всякие споры о единой и двух волях воспрещались всем христианам. Император потребовал у Мартина подчинения этому эдикту, озабочивавшему императора гораздо более чем возвращение отнятых у него арабами провинций. В Италию был послан новый экзарх Олимпий, и ему было предписано принять меры, чтобы эдикт был признан епископами, владетельными князьями, народом и даже чужестранцами. Экзарх должен был захватить в свои руки папу и заставить епископов принять эдикт, но раньше надлежало узнать, каково в этом отношении настроение войска в Риме, и, если бы это настроение оказалось враждебным, оставить все по-старому, пока войска как в Риме, так и в Равенне не окажутся на стороне экзарха.
Все это бросает некоторый свет на отношения Рима к экзарху: этот императорский чиновник больше уже не смел распоряжаться городом по своему усмотрению, и в этом случае мы в первый раз встречаем ясное и вполне определенное указание на существование войска, организованного в виде милиции из знатных граждан и владетельных лиц. Это войско, хотя и получало — правда, не всегда — свое жалованье из Константинополя, но по своему характеру было национально-римским. Без его согласия замысел экзарха не мог быть выполнен.
Прибыв в Рим, Олимпий нашел Латеранский собор в полном разгаре его деятельности, и уже были осуждены, и эктезис, и тип (typus), и Кир Александрийский, и все три патриарха — Сергий, Пирр и Павел. Имея в виду приказ императора, экзарх с помощью части своих собственных наемников, части тех, кого ему удалось подкупить в римском войске, и затем разными другими интригами старался посеять раскол на соборе. Городом овладело большое волнение; экзарху пришлось долго пробыть в Риме, и нет сомнения, что он занимал тогда древний дворец цезарей. Все старания экзарха оказались, однако, тщетными, точно так же как оказалось неудачным и покушение на жизнь папы, которое по крайней мере приписывается экзарху книгой пап. Притворившись примирившимся с Мартином, экзарх явился в церковь S.-Maria Maggiore и подошел к алтарю, чтобы принять причастие из рук папы; в эту минуту, как было условлено, телохранитель экзарха должен был кинжалом нанести папе удар, но Господь, всегда охраняющий своих слуг, говорит летописец, поразил спатара слепотой, и он перестал видеть папу. Затем, продолжает летописец Олимпий действительно примирился с Мартином, покаялся ему и удалился в Сицилию, где сарацины уже успели укрепиться; здесь он потерпел поражение и после того, среди разных мятежных замыслов, умер от какой-то болезни.
Его место в Равенне заступил в 652 или 653 г. Феодор Каллиопа; он являлся уже во второй раз и имел от императора приказ во что бы то ни стало сломить упорство Мартина. 15 июня 653 г., в сопровождении каммерария Пелария, экзарх вступил с войском в Рим. Во исполнение лежавшей на нем обязанности, Мартин приказал выйти навстречу экзарху духовенству, сам же, сославшись на приступ подагры, остался в Латеранском дворце. Экзарх проследовал во дворец цезарей и там принял послов; он уверил их, что сожалеет о болезни папы, и объявил им, что в воскресенье утром он сам явится к папе, чтоб засвидетельствовать ему свое глубокое почтение. Затем, опасаясь, что папский дворец полон вооруженных людей, экзарх приказал сначала сделать в нем обыск и после того окружил его своими войсками, чему римляне не оказали никакого сопротивления.
Окруженный священниками, папа покоился на своем ложе перед главным алтарем латеранской базилики. Экзарх явился в сопровождении вооруженных людей и сообщил духовенству императорский декрет, которым предписывалось низложить Мартина как узурпатора, занимавшего святой престол без утверждения императора. Духовенство ответило на это анафемой; затем поднялся страшный шум; византийцы мечами сшибли с алтарей светильники, стащили с ложа беззащитного Мартина и повлекли его во дворец цезарей. В ночь на 18 июня папу посадили на корабль, который уже стоял на Тибре готовый к отплытию, и повезли к Порто. Все духовенство готово было сопровождать папу в заточение, но экзарх разрешил папе взять с собой только шесть пажей или слуг и приказал затворить ворота, опасаясь, что римляне бросятся освобождать своего епископа. Несчастный папа после долгого путешествия морем был сначала высажен на остров Наксос, а затем в сентябре перевезен в Константинополь, где как оскорбитель величества был заключен в тюрьму. В числе предъявленных ему обвинений было, между прочим, и то, что он вместе с Олимпием участвовал в заговорах и призвал сарацинов в Сицилию.