История Рима того времени так темна и так бедна событиями, что хроника его не содержит почти ничего другого, кроме перечисления пап, продолжительности их правления и оставленных ими сооружений. Домн умер в апреле 678 г., и его преемником был сицилианец Агафон из Палермо. Этому папе выпала счастливая доля добиться и на Западе, и на востоке признания как первенства Рима, так и его ортодоксального вероучения. Пользуясь натянутыми отношениями между Римом и Константинополем, архиепископ Равенны Мавр еще при Виталиане отказывался подчиниться римскому папе и снова подвергал сомнению право Рима на первенство. Таким образом возник раскол; находившийся тогда в Сиракузах Констант старался поддержать этот раскол и даровал епископу Равенны привилегию полной независимости от римского епископа; поэтому Мавр и затем его преемник Репарат не придавали никакого значения отлучению от церкви, к которому они были приговорены папой. Но уже при Домне архиепископ Равенны вынужден был покориться, так как новый император, Константин Погонат, относился благосклонно к римскому католицизму. Преемник Репарата, Феодор, отказался от автокефалии, или независимости, на которую заявляла притязание равеннская церковь, и был посвящен в епископы Агафоном. Эта победа над самой могущественной после Рима метрополией Италии имела большое значение для положения папы вообще. Его возраставший авторитет помог вместе с тем и поражению монофелитского учения. Чтоб положить конец долгому спору об этом учении, Константин Погонат предписал созвать в Константинополе вселенский собор; ввиду этого Агафон 27 марта 680 г. созвал итальянский собор, на котором были избраны делегатами епископы Порто, Региума и Патерно; к ним Агафон присоединил еще трех своих легатов, кардиналов. Отправляя всех этих послов, Агафон вручил им письмо, в котором просил императора извинить его, что он посылает к нему послов, которые не обладают даром слова и совсем неученые, что послы его простые люди, которые жили в тяжелых условиях среди варваров и должны были зарабатывать свой хлеб трудами своих рук. Это высказанное с достоинством признание дает нам некоторое понятие о степени образованности Рима в то время. Как бы то ни было, неученые пресвитеры оказались на высоте своей задачи, и ортодоксальное учение одержало верх в Константинополе.
Знаменитый Шестой Вселенский собор был открыт 7 ноября 680 г. в Трулле — зале с куполом, в византийском дворце; заключения Рима были признаны каноническими, а монофелиты частью сдались сами, частью были объявлены побежденными после целого ряда заседаний (эта теологическая драма разыгрывалась до 16 сентября 681 г. и, по официальному выражению, заключала в себе 18 актов — actiones). Константинопольский патриарх Георг раскаялся и признал свое заблуждение, но упорный Макарий Антиохийский не сдавался и был низложен и удален в ссылку; умершие последователи учения о единой воле в Едином Христе, Кир Александрийский. Сергий и Пирр Византийские, были торжественно осуждены и их мозаичные изображения в церквях были уничтожены. Даже папе Гонорию пришлось после смерти искупать свою преступную уступчивость по отношению к монофелитам, и он был также осужден. После того в знамение, что ересь была искоренена, на народ спустилась масса черной паутины. Таким образом христианство нашло примирение в учении о двух волях, и Рим был признан догматическим главой христианского мира.
Летом 680 г. Рим был почти опустошен чумой; она свирепствовала по всей Италии, и Павел Диакон говорит, что население Павии почти все вымерло от чумы. Он рассказывает, что люди видели, как по улицам Павии ходили два ангела, добрый и злой; там, где первый давал знак, второй ударял копьем в дверь дома, и, сколько делалось таких ударов, столько умирало людей в доме. Затем было откровение, что чума прекратится, когда в церкви Св. Петра ad Vincula будет воздвигнут алтарь св. Себастиану. Мощи этого мученика были привезены тогда из Рима, и чума прекратилась. Павел Диакон, очевидно, говорит о церкви Св. Петра ad Vincula в Павии, но римляне в позднейшее время перенесли эту легенду на свою собственную церковь того же имени, где это предание изображено на картине XV века.
В левом боковом приделе этой церкви еще можно видеть старинную грубую мозаику византийского стиля, сделанную по заказу, вероятно, Агафона. На этой мозаике св. Себастиан изображен в одежде и старцем. Уже гораздо позднее стали изображать этого святого в виде нагого юноши, привязанного к дереву и пронзенного стрелами.
Св. Себастиану, давно почитаемому в Риме, была посвящена церковь над катакомбами Каликста; она существовала уже при Григории Великом и позднее стала одной из семи главных церквей Рима. Св. Себастиан происходил из Нарбонны и был молодым военным трибуном; когда оказалось, что он последователь христианской веры, он был выставлен как мишень для стрельбы из лука у колонн, подпиравших арки императорского дворца. Тело мученика предала погребению в названных катакомбах благочестивая матрона Люцина.