Немецкий ученый XIX века Мюллер-Штрюбинг заметил, что у других писателей находится немало таких известий из времен Пелопоннесской войны, о которых Фукидид вовсе не упоминает. Он полагает, что Фукидид делал это сознательно, нарочно умалчивая о внутреннем состоянии Афин того времени. Обвинение это не выдерживает критики. Дело в том, что Фукидид поставил себе задачей дать только историю Пелопоннесской войны (как он сам заявляет в начале своего труда), а не историю Эллады во время этой войны. Поэтому все, что во внешних делах государств и в политике не касается этой борьбы, исключено из его сочинения и, напротив, вошли в его состав только те события, которые имеют отношение к ней, где бы они ни произошли. "История" Фукидида — это история войны. Но даже и из событий, касающихся войны, он брал далеко не все, а только те, какие считал важными. "Я упомяну только о наиболее достопримечательных военных действиях", — говорит он сам в одном месте (III, 90, 1).
Одной из характерных особенностей "Истории" Фукидида, за которую его часто упрекали в новое время, являются его многочисленные отступления или экскурсы. Эти экскурсы в книгах II-VIII следующие:
1) объединение городов и селений древней Аттики, произведенное Тезеем, так называемый "синойкизм" (II, 15);
2) царство племени одрисов во Фракии; Македония при царе Пердикке (II, 96-98);
3) состав афинского флота и издержки на его содержание (III, 17);
4) очищение острова Делоса и праздники там в честь Аполлона (III, 104);
5) этнография и древнейшая история Сицилии (VI, 2-5);
6) заговор против Писистратидов (VI, 54-59).
Все эти отступления, на первый взгляд нарушающие непрерывность изложения, на самом деле органически связаны с основной темой сочинения Фукидида, и присутствие их с логической точки зрения может быть, вполне оправдано. Так, например, большое отступление, повествующее о заговоре против Писистратидов, вставленное в рассказ об отозвании Алкивиада из Сицилии вследствие обвинения его в кощунстве над гермами, имеет целью показать, что это обвинение было лишь предлогом, а истинной причиной был страх афинян перед стремлением Алкивиада, действительным или мнимым, заменить демократию олигархией или тираннией.
"Народ знал по слухам, — говорит Фукидид, — насколько стала тяжела под конец тиранния Писистрата и сыновей его, знал также, что она низвергнута была не самими афинянами и не Гармодием, а потому постоянно был в тревоге и ко всему относился подозрительно". Это и дает повод Фукидиду рассказать историю о свержении тираннии. "Имея в виду эти события [о тираннии Писистрата и сыновей его], — продолжает Фукидид (VI, 60), — и вспоминая все, что было известно о них по рассказам, .афинский народ в описываемое нами время негодовал, относился подозрительно к тем, которые навлекли на себя обвинение в деле, касающемся мистерий, и решил, что все это учинено заговорщиками с целью установить олигархию или тираннию". Таким образом, этот экскурс находится в связи с рассказом о настроении народа и о привлечении к суду Алкивиада. Что в Афинах страх перед тираннией был распространен, видно также из слов Аристофана. В "Лисистрате" (ст. 619) хор стариков говорит, что он "чует запах тираннии Гиппия". Фукидид хотел в этом рассказе исправить некоторые неточности народной молвы об этом событии. "Я докажу, — говорит он (VI, 54, 1), — что даже афиняне, не говоря уже о прочих эллинах, не имеют о своих тираннах и вообще о своем прошлом никаких точных сведений". Надо, однако, признать, что безусловной необходимости в этом экскурсе не было, и Маркеллин (§ 18), ссылаясь на Гермиппа (писателя приблизительно 200 г. до н. э.), видит причину вставки его в том, что будто бы "род Фукидида происходит от тираннов Писистратидов, и что поэтому историк в своем сочинении с ненавистью повествует о Гармодии и Аристогитоне и отрицает, что они были тиранноубийцами, так как они убили не тиранна, а брата тиранна, Гиппарха".
Однако экскурсы занимают ничтожное место в сочинении историка, и, если даже считать их ненужными, они не нарушают единства его сочинения, посвященного исключительно истории Пелопоннесской войны. Этим единством темы труд Фукидида резко отличается от трудов его предшественников логографов и Геродота.