Н. Ф. Яковлев, труды которого сыграли «большую роль в укреплении взглядов Московской фонологической школы» [Реформатский 1970: 16], создал теорию алфавита. Он преодолел эмпирический подход к решению вопроса о соотношении букв и звуков и дал точные критерии оценки алфавита. При дофонологическом подходе считалось, что число букв в алфавите должно соответствовать числу звуков, что каждая буква должна передавать лишь один, и при этом один и тот же звук. Н. Ф. Яковлев показал, что «в практическом письме необходимо и достаточно выражать с помощью особых букв или иным способом все существующие в данном языке фонемы». Н. Ф. Яковлев обосновал законность и преимущества слогового принципа русской графики и предложил положить его в основу рационального, наиболее экономного в отношении числа букв алфавита [Яковлев 1970].
Важным шагом в развитии теории русского письма на основе Московской фонологической школы была статья Р. И. Аванесова и В. Н. Сидорова «Реформа орфографии в связи с проблемой письменного языка» [Аванесов, Сидоров 1930]. Появление ее было откликом на «беспринципный и полипринципный», по словам А. А. Реформатского, проект реформы русской орфографии, вошедший в историю кодификации русского письма как проект Главнауки. Основной дефект этого проекта авторы статьи видят в «отсутствии принципиальной точки зрения на письменный язык и его соотношение с языком устным, в связи с чем должен быть разрешен вопрос о принципах рациональной орфографии» [Аванесов, Сидоров 1930: 149]. В статье они обосновывают фонологическиий принцип русской орфографии (впервые, как мы видели, его сформулировал Бодуэн де Куртенэ, не прибегая к терминам «фонемный», «фонологическиий» или «фонематический») и со всей определенностью говорят: «При фонологическом письме соответствие между буквой и звуком отсутствует» (поскольку на письме не передаются позиционные изменения звуков). «Передавая фонемы, а не звуки, фонологическое письмо осуществляет единство в написании морфемы» [Там же: 150, 152].
Эту же особенность русского письма — необозначение чередования звуков под влиянием позиции — другая отечественная школа — Ленинградская фонологическая школа (Л. В. Щерба, А. Н. Гвоздев, Л. Р. Зиндер, В. Ф. Иванова, Б. И. Осипов), обобщающая звуки в фонемы по принципу их акустико-физиологической близости, описывает в терминах морфологического принципа (поскольку русское письмо обеспечивает единообразную передачу морфем). Однако трактовка главного принципа как предписывающего единообразную передачу морфем не дает ответа на вопрос,
Позднее было доказано, что фонографическое, или звукобуквенное, письмо, каким является русское, может быть построено только на одном из двух принципов: либо на фонематическом, либо на фонетическом. В статье И. С. Ильинской и В. Н. Сидорова, написанной во время широкого обсуждения проектов свода правил русского правописания, было показано, что «письмо, строящееся на соотношении с современным ему устным языком, может соотноситься или с фонемами языка, или со звуками речи. Иного типа соотношений со звуковой системой практически быть не может. ⟨…⟩ Написания, оказавшиеся вне таких соотношений, образуют тот остаток, который как несоотнесенный с современной системой языка может получить только историческое истолкование» [Ильинская, Сидоров 1952: 12].