Люди, враждебно относившиеся к притязаниям папства, сгруппировались вокруг Людовика Баварского. Среди них был Марсильо Падуанский, стоявший за главенство государства и за подчинение ему Церкви. В трактате «О переносе власти» Марсильо дал очерк истории возникновения Священной Римской империи и показал древнее подчинение Св. Престола императорской власти и неосновательность притязаний папы на утверждение императоров. Иоанн XXII осудил его как еретика. Покровительство, которое оказал ему Людовик, послужило лишним пунктом в обвинении императора в ереси.
Противником папы был и схоластик Вильям Оккам (1285–1349). Во время окончательного разрыва между папством и францисканцами-ригористами он находился уже под судом инквизиции, бежал из Авиньона вместе со своим генералом Михаилом Чезенским и нашел убежище у Людовика. Он связал вопрос о нищете Христа с вопросом о германской независимости. В 1324 г. Оккам заявил, что будет бороться против заблуждения «псевдоапы». Допуская главенство папы, он утверждал, что папа может впасть так же в ересь, как и Вселенский собор и весь христианский мир. Влияние Св. Духа не лишает человека свободы мысли и не мешает ему впасть в заблуждение. Оккам обвинил Иоанна XXII в семидесяти ересях.
После издания булл «Наряду с иными» и «Так как причина происхождения» между Иоанном и главными лицами францисканского ордена наступило как бы перемирие. В 1325 г. Михаил созвал капитул, который должен был заседать в Париже; но он опасался, что капитул попытается отменить решения, принятые в Перузе из-за давления папы через короля Карла Красивого. Поэтому он перенес заседания в Лион. Устав в отношении положения о нищете не был смягчен, но был принят статут, грозивший тюремным заключением всякому, кто будет непочтительно отзываться об Иоанне XXII и его декреталиях. Однако папа в августе 1327 г. в булле «Так как иногда» подтвердил, что он признал еретическим верование в нищету Христа и приказывал прелатам и инквизиторам преследовать виновных; обвиняемые лишаются всяких привилегий и подлежат общему суду, явно при этом имея в виду францисканцев.
В первую очередь эта мера была направлена против умеренных спиритуалов Италии — фратичелли, защищавших святость нищеты.
Решения Иоанна вызвали новый приток беглецов, недовольных отношением руководителей ордена к папским репрессиям против францисканцев, они увеличили ряды фратичелли, избрали генерал-министром Генриха да Чева, бежавшего в Сицилию во время преследования, воздвигнутого Бонифацием VIII, и объявили, себя независимыми от общей организации ордена.
Михаил Чезенский не осуждал преследования, направленного против непокорных братьев; он не сомневался, что булла августа 1327 г. имела их в виду, и по-прежнему продолжал выражать покорность. В июле папа вызвал его из Рима в Авиньон. Михаил явился к папе 2 декабря и до апреля 1328 г. оставался при папском дворе. Между тем, весной 1326 г. Людовик предпринял поход в Италию. В апреле он прибыл в Милан, чтобы получить там железную корону, Иоанн запретил ему идти дальше; император не исполнил этого приказания, и папа снова отлучил его от Церкви и велел проповедовать против непокорного крестовый поход. Людовик 7 января 1327 г. вступил в Рим, где приказал короновать себя 17 января императором. Как защитник веры, он обвинил папу в ереси отрицания нищеты Христа и 14 апреля обнародовал закон, разрешавший преследовать и осуждать всех явно считаемых изменниками и еретиками. 17 апреля было объявлено по просьбе духовенства и населения Рима решение о свержении папы. В нем среди прочих преступлений папы объявлялось, что он еретик, отрицающий нищету Христа; всякому, кто окажет помощь или поддержку осужденному, император грозил конфискацией имущества.
12 мая население и духовенство Рима, согласно первоначальному обычаю, выбрало новым римским епископом Петра ди Корбарио, францисканца, министра Абруцской провинции и папского духовника. Новый папа принял имя Николая V; была образована новая коллегия кардиналов; он назначил нунциев и легатов и заменил епископов-гвельфов гибеллинами.
Хотя капитул, созванный в Ананьи францисканским префектом римской провинции, высказался против Петра ди Корбарио и приказал ему отказаться от папского достоинства, орден не избежал ответственности за мятеж. Михаил Чезенский был объявлен пленником папы на честное слово; ему было запрещено покидать Авиньон под угрозой отлучения от Церкви, потери должности и ограничения прав в будущем. 14 апреля Михаил составил нотариальный протест. В присутствии Оккама и Бонаграции он заявил, что папа или еретик, или не папа; ибо или мнения Иоанна еретические, или Николай IV, Бонифаций VIII и Климент V были еретиками и, следовательно, не имеет законной власти образованный ими конклав, избравший Иоанна. Михаил протестовал против всего, что нарушало права ордена, и заявлял, что он сам был угнетен и подавлен, так что действия, к которым его принуждали, не могут иметь никакого значения и силы.