Михаил был задержан в Авиньоне, а в Болонье собрался генеральный капитул ордена. Иоанн поручил епископу Остии добиться выборов нового генерала. Капитул избрал снова Михаила. Ввиду драмы, разыгрывавшейся в Риме, Михаил боялся за свою жизнь и бежал 26 мая вместе с Оккамом и Бонаграцией. 9 июня он прибыл в Пизу. Отлученный от Церкви и лишенный сана, Михаил утверждал, что Иоанн — еретик, обесчестивший папское достоинство. На созванном папой в июле 1329 г. в Париже генеральном капитуле ордена францисканцев Михаил и все верные ему провинциалы были заменены сторонниками папы; Михаил был низложен и генералом избран Герард Одо; но добиться от капитула осуждения учения о нищете Христа папа не смог.
В Германии большинство францисканцев оставались верными Михаилу и Людовику. В январе 1331 г. Иоанн издал буллу, специально направленную против них; она лишала привилегий и неприкосновенности всякого, кто будет признавать Людовика императором и отправлять богослужение в местностях, на которые наложен интердикт, и приказывала прелатам и инквизиторам преследовать мятежных. Однако Людовик и францисканцы Германии эту буллу игнорировали.
Вопрос о нищете Христа, который Иоанн и Людовик хотели сделать предметом возникшей между ними ссоры и в котором сильно были заинтересованы некоторые немецкие францисканцы, не поднимался в Германии после смерти Людовика в октябре 1374 г. и прекращения существования Мюнхенской колонии беглецов-францисканцев со смертью Михаила Чезенского в ноябре 1342 г. и Оккама — между 1347 и 1350 гг.
Иначе обстояло дело в Италии, родине францисканства. Там всегда были сильны убеждения в святости полной нищеты. Во время Бонифация и Климента и в начале папства Иоанна исповедовавшие осужденное учение скрывались или искали убежища в Сицилии. Они снова неожиданно появились и умножились благодаря францисканскому расколу. Падение антипапы-францисканца в январе 1330 г. и торжество Иоанна вызвали новое преследование их. Но и сторонники нищеты дошли до отрицания папского авторитета и обвинения Св. Престола в ереси. Эти люди считали, что убеждения их осужденных братьев были верны. В отношении к фратичелли тайное и сильное расположение распространялось не только между монахами, но иногда и между прелатами; в 1336 г. епископ Камерино и епископ Фирмо были обвинены в оказании покровительства этим еретикам и в разрешении им жить в их епархиях. Бенедикт XII в 1335 г. на другой же день избрания обрушился на этих Братьев бедного образа жизни, как сами они себя называли. Во многих местностях эти сектанты продолжали открыто выказывать свое несогласие с Церковью.
Они продолжали считать своим генералом Михаила, оскорбляли память Иоанна XXII и успешно занимались обращением. Их открыто поддерживали люди могущественные и высокопоставленные. Всем инквизиторам от Тревизо и Ломбардии до Сицилии было приказано очистить Церковь от этих нечестивцев; прелатам было предложено оказывать инквизиторам деятельную помощь. В 1337 г. инквизитор Анконской Марки получил приказ строго повести дело против епископа Камерино и против других покровителей еретиков, настаивавших на нищете Христа. От кающегося инквизиторы требовали клятву: «Клянусь, что я верую в своей душе и совести и исповедую, что Иисус Христос и апостолы во время их земной жизни владели имуществом, которое приписывает им Священное Писание, и что они имели право это имущество отдавать, продавать и отчуждать».