В 1343 г. Климент VI приказал епископам Анконы и Осимо вызвать к папе до истечения трехмесячного срока сеньора Камерино, чтобы дать ответ за покровительство фратичелли, за препятствие свободному отправлению инквизиторами их обязанностей и за проявляемое им в течение нескольких лет презрительное отношение к наложенному на него инквизиторами отлучению от Церкви. Но сами инквизиторы, в особенности во францисканских округах, не всегда горячо относились к делу, потому что не могли получить выгоду от конфискаций у тех лиц, которые обладание имуществом считали грехом. В 1346 г. Климент сделал строгое замечание этим вялым преследователям. В этих спокойных округах фратичелли скрывались мало. Тоскана была полна фратичелли. Флоренция приняла против них суровые законы, осудив их на изгнание из города, предоставив всякому гражданину право арестовывать их и выдавать святому трибуналу и наложив штраф в пятьсот ливров на всякого чиновника, который, несмотря на приказание инквизиторов, откажется помочь им при аресте сектантов. В свою очередь около середины XIV в. фратичелли распространили по всей Италии документ, писанный на народном языке, «дабы всякий мог понять его»; в нем они заклеймили всю иерархию Рима как еретическую. Поэтому фратичелли и сами были вынуждены отделиться от еретической Церкви; они выпускают заявление, чтобы показать свое направление. Если положения их в чем-либо ложны, то они просят указать им допущенную ошибку; но если учение их правильно, то все верные должны принять его; ибо, раз факты известны всем, то все те, кто пойдет вместе с прелатами и духовенством, еретическим и отлученным от Церкви, будут причастны к ереси.
Инквизитор Джакомо делла Марка, безжалостный искоренитель ереси, сообщает около 1460 г. в своем «Диалоге с фратичелло» сведения об окончательной форме учения фратичелли. Все сводится к вопросу о нищете Христа и о еретическом характере Иоанна. Фратичелли клеймят католиков именем иоаннитов, а себя называют михаелитами, так что еретиков возводили к схизматикам-францисканцам, группировавшимся вокруг Михаила Мезенского, а не к спиритуалам. Они, выставляя священников виновными в симонии и конкубинате, отвращают простой народ от духовенства; люди отказываются исповедоваться у священников, присутствовать на совершаемых ими богослужениях, получать таинства из их рук и платить десятину. Таким образом, фратичелли, воображая себя детьми Бога, являются, по мнению инквизитора, еретиками.
Уже с 1362 г. фратичелли образовывали несколько различных сект, из которых каждая считала себя единственно истинной Церковью. Неполнота документов, которыми располагает история, не позволяет подробно проследить различия этих фракций; можно только вообще утверждать, что еретическая Церковь не состояла из одних только отшельников и монахов; у нее было свое духовенство, свои верные миряне и свои епископы, во главе которых стоял верховный вождь или папа, известный под именем епископа Филадельфии (Филадельфия было мистическое имя общины). В 1367 г. этот пост занимал бывший аквинский епископ Томассо; в 1374 г. открыли другого папу в Перузе; в 1429 г. в это достоинство возвели Райнальдо. Был даже глава мирян, который назывался Императором Христиан!
Папы приказывали инквизиции уничтожить секты. Во время папства Урбана V в Витербо было сожжено девять фратичелли, а в 1389 г. несколько еретиков казнено во Флоренции. Сицилия и юг Италии оставались глубоко зараженными ересью. В Неаполе в 1362 г. было арестовано и сожжено много фратичелли на огромном костре. Тем не менее салернский архидьякон-фратичелло в 1362 г. получил епископскую кафедру в Тривенто, которую занимал до самой смерти около 1382 г. В 1372 г. Григорий XI узнал, что в Сицилии останки умерших фратичелли почитаются как мощи. Папа приказал инквизиторам положить этому конец, но народ продолжал считать фратичелли истинными детьми св. Франциска, давал им убежище и презирал францисканцев, не соблюдавших свой монашеский Обет. Францисканцы в 1374 г. вступили с фратичелли в публичный диспут в Перузе. Их представитель доказал, что повиновение папе стоит выше повиновения уставу, и фратичелли были изгнаны из города. Однако и после этой победы инквизиция не осмеливалась их преследовать.