Во время своего свидания с Климентом в Пуатье весной 1307 г. Филипп выдвинул обвинения против тамплиеров. Климент вызвал Молэ, который явился в сопровождении трех высших сановников ордена, бывших тогда во Франции: наставника Кипра де Карона, наставника Аквитании и Пуату де Жонвилля и визитора Франции Гуго де Перо. Им были сообщены обвинения. Климент заявлял, что Молэ перед своим арестом в присутствии своих подчиненных рыцарей и разных мирян и духовных лиц сознался ему в справедливости этих обвинений; но тамплиеры вернулись в Париж, очевидно, успокоенные и убежденные, что они вполне оправдались. 24 августа 1307 г. Климент в своем письме Филиппу упоминает об обвинениях, выдвинутых королем против тамплиеров во время их свиданий в Лионе и Пуатье, и о представлениях, сделанных по этому поводу агентами короля. Эти обвинения показались папе невероятными и невозможными; Молэ и высшие сановники ордена отвергли эти несправедливые обвинения, многократно просили расследования и соглашались подвергнуться самым суровым наказаниям, если будет признана их виновность; вследствие этого Климент по настоянию своих кардиналов предполагал по возвращении в Пуатье начать это расследование, поэтому и просил короля переслать ему собранные документы.
Филипп имел все необходимые средства для достижения цели и был уверен, что если Церковь будет вовлечена в это дело, то Климент не откажет в помощи. Инквизитор Франции являлся капелланом короля. В силу своего служебного положения он обязан был знакомиться со всяким обвинением в ереси и обращаться к содействию светской власти; он был выше специальных привилегий и личной неприкосновенности членов ордена. Свидетельские показания объявляли тамплиеров еретиками; и инквизитор, строго следуя закону, приказал Филиппу арестовать рыцарей, находившихся на его территории, и представить их на суд инквизиции.
Филипп старался, чтобы все делалось по приказу инквизитора, а свою поспешность оправдывал тем, что рыцари собирали свои сокровища и готовились бежать. 14 сентября были посланы представителям короля по всей стране грамоты с приказанием арестовать по просьбе инквизитора Франции одновременно 13 октября всех членов ордена и наложить секвестр на все их имущества. 20 сентября инквизитор разослал инквизиторам, доминиканским приорам, субприорам и лекторам циркуляр с приказанием действовать и перечислял преступления тамплиеров. Приказывалось держать арестованных тамплиеров в строгом одиночном заключении; они должны были являться перед комиссарами инквизиции поодиночке; им должно было быть прочтено обвинение и обещано прощение, если они признаются и вернутся в лоно Церкви, их должны были предупредить, что в случае упорства они будут преданы смерти и будет применена пытка, чтобы добиться от них сознания. Собранные таким путем показания, скрепленные печатью инквизиторов, должны были быть немедленно доставлены королю.
В своих письмах от 21 ноября к Эдуарду Английскому и от 22 ноября к Роберту, герцогу Калабрийскому, Климент говорит, что Филипп действовал по приказанию инквизиции и отдал узников на суд Церкви. Святой трибунал в это время считался ответственным за всякое дело. Булла «Творя милосердие» 12 августа 1308 г. приказывает всем европейским инквизиторам принять участие в этом процессе. Все дело было строго инквизиционным; где действовала инквизиция, было не трудно собрать нужные свидетельские показания; в Кастилии и Арагоне это не удалось; в Англии также не могли ничего сделать, пока не установили временную инквизицию.