Аресты были произведены по всему королевству 13 октября 1307 г. на восходе солнца; немногим тамплиерам удалось бежать, Ногарэ лично захватил Парижский Тампль, где было арестовано около ста сорока тамплиеров, в том числе Молэ и высшие сановники ордена. Богатства ордена перешли в руки короля. 14 октября магистры университета и каноники кафедрального собора были приглашены в собор Парижской Богоматери; Гильом Ногарэ, парижский прево и другие сановники объявили о преступлениях, в которых обвиняли тамплиеров. октября народ собрался в саду королевского дворца, где доминиканцы и королевские ораторы разъяснили ему суть дела; подобные же меры были приняты по всему королевству. 16 октября были посланы королевские письма ко всем князьям христианского мира об открытии ереси тамплиеров, и князей просили придти королю на помощь в деле защиты веры. С 19 октября по 24 ноября инквизитор Франции и его помощники отобрали и записали признания ста тридцати восьми узников, арестованных в Парижском Тампле; все за исключением трех сознались по крайней мере в некоторых предъявленных им обвинениях. То же происходило и по всей Франции. Инквизитор иногда уполномочивал действовать вместо себя королевских чиновников. В одном Париже тридцать шесть тамплиеров умерли от пытки, в Сансе — двадцать пять, в других местностях смертность была тоже значительна. Молэ также не избежал пытки; его сознание, данное 24 октября, заключает в себе лишь часть заблуждений, в которых его обвиняли; но от него добились письма к братьям; в нем он уведомлял их, что сознался, и советовал им последовать его примеру. Молэ и другие высшие лица ордена, повторили свои признания перед магистрами и студентами всех факультетов университета, собранными в Тампле; при этом они добавили, что заблуждения, в которых их обвиняли, господствовали в ордене уже более тридцати лет.
Им были поставлены в вину следующие пять заблуждений: 1) Когда вступал неофит, то наставник в каком-нибудь уединенном месте заставлял его три раза отречься от Спасителя и плюнуть на крест. 2) Неофита раздевали донага, и наставник три раза целовал его в заднюю часть, в пупок и в уста. 3) Затем неофиту говорили, что содомский грех достоин похвалы (действительно, этот порок процветал в ордене). 4) Веревка, которую тамплиеры, никогда не снимая, носили поверх сорочки как символ целомудрия, освящалась тем, что ее обвивали вокруг идола, имевшего форму человеческой головы с длинной бородой, и эта голова, хотя ее знали только гроссмейстер и самые старые члены ордена, почиталась капитулами. 5) Священники ордена при совершении богослуженья не освящали Святых Даров.
Когда в августе 1308 г. Климент разослал по всей Европе списки вопросов, которые следует предлагать обвиняемым (эти списки были составлены Филиппом и заключали от восьмидесяти семи до ста двадцати семи вопросов), то эти пять обвинений были включены во все списки. К ним добавляли, что братьев поучали приобретать имущества для ордена всеми законными и незаконными средствами; эти преступления являлись строго определенными и неизменными правилами, установленными в ордене в такую отдаленную эпоху, что ни один из членов не помнил их происхождения. В упрек ордену ставили таинственность, которой он облекал свои обряды.
Здесь не будет излишним рассмотреть вечно спорный вопрос о том, был ли орден виновен или нет. Критики на разных основаниях пришли к тому, что стали приписывать тамплиерам заблуждения манихеев и гностиков, а также каббалистические. Утверждали, что тамплиеры поклонялись идолам, хотя инквизиции не удалось захватить ни одного идола во время их внезапного ареста, вопреки показаниям некоторых обвиняемых, что эти идолы сохранялись в командорстве, их использовали при всех приемах вновь вступавших в члены. Современные теоретики много настаивали на том факте, что правила и статуты ордена были предназначены исключительно, для главных членов, что они должны были содержать изъяснение сокровенных тайн ереси. Однако в делопроизводстве нет на это ни одного намека; обвинители никогда не прибегали к тексту статутов, хотя они захватили большое число экземпляров во время внезапного ареста тамплиеров. Молчание обвинения в этом отношении весьма убедительно. Несмотря на все тщание, с которым уничтожали экземпляры статутов тамплиеров, два или три экземпляра сохранились и были опубликованы в наше время. Они полны самым аскетическим благочестием, самой абсолютной преданностью Церкви. Против ордена не имеется ни одного материального свидетельства, ни одного внешнего доказательства; все обвинение основывается исключительно на признаниях, вырванных обещанием прощения и угрозой костра, пыткой, страхом пытки или строгим тюремным заключением и лишением пищи, приемами, которыми обычно пользовалась инквизиция — как папская, так и епископская. Тамплиеру грозила смерть, если он продолжал отрицать свою вину, а сознание обещало ему безнаказанность.