Вместе с тем, несмотря на заимствование Московским царством ряда социально-политических институтов и политических традиций Золотой Орды, московские великие князья, ставшие затем царями, выработали политическую идеологию, отличную в своей основе от линии, проводимой ханской администрацией. Они сделали ставку на традицию ортодоксального (православного) христианства, в чем немалую роль сыграл факт женитьбы Ивана III в 1472 г. на Зое (Софье) Палеолог, племяннице последнего византийского императора Константина XI, погибшего в 1453 г. при обороне Константинополя от османов. Идея христианского царства, восходящего корнями к Риму, преемниками императоров которого якобы являлись московские князья, была гораздо ближе русской культуре, нежели традиции восточных культур. Речь идет о сформулированной в начале XVI в. концепции верховной власти «Москва — третий Рим». Ставка на эту идеологию очень пагубно отразилась в дальнейшем на национальной политике правительства, волей или неволей возвышавшегося над поликультурным государством.
Победа над ослабленными внутренними раздорами государствами, оставшимися после распада Улуса Джучи, привела к насильственной христианизации населения занимаемых ими территорий. Глубокий след оставило в истории народов Поволжья завоевание Казанского ханства. Речь идет не только о тяжелых последствиях жестокого захвата города, который был почти полностью разрушен, а население перебито или угнано в неволю. Народная память сохранила имена отстаивавшей интересы своего государства ханши Сююмбике и возглавлявшего героическую оборону Казани
Царь Иван IV не считался ни с интересами старой местной знати, ни с интересами мусульманского духовенства — происходила конфискация земель и разрушение мечетей, прежде всего в городах и в долине Волги; соглашавшихся принять новое подданство представителей тюрко-татарской аристократии московский царь склонял к крещению и зачастую переселял на новые земли, поселяя среди русских, на отнятые же у тюрко-татарской элиты земли он сажал бояр и воевод, передавал их монастырям.
Не отрицая всех этих моментов, нельзя в то же время и абсолютизировать какие-то действия Ивана Грозного, перенося вопрос борьбы с Казанским ханством на весь масштаб его религиозной политики. В случае с Поволжьем он скорее всего рассматривал регион как потенциально опасный с точки зрения возможности реинкарнации политических сил, способных воссоздать поверженную им государственность. Вероятно, именно этим могут быть объяснены его жестокие действия — стремлением подавить очаги потенциального сопротивления, упрочив свою власть. Однако жестокость породила лишь неприязнь местного населения, вылившись в многочисленные восстания в последующем. Но по сути эти события имели стихийный характер. В целом же Иван Грозный не может рассматриваться как противник ислама. В частности, мы знаем о существовании мусульманского Касимовского ханства внутри Московского царства, известен случай, когда, принимая в подданство башкир, московский государь дал им обещание «никогда не силовать в другую религию», то есть не навязывать им отречение от ислама.
Соответственно часть татарской военной элиты бывшего Казанского ханства вне городов сумела войти в элиту Московской Руси, пополнив сословие служилых татар. Следует отметить, что политика Ивана IV в отношении собственно московских служилых людей — мусульман (касимовских, романовских, каринских, темниковских, юртовских, пронских, михайловских, цненских, бордаковских, калужских, боровских, малоярославецких, арзамасских, алатырских, каширских и т.д.) была гораздо более лояльной. Этот факт послужил тому, что преимущественно из этих групп позже сформировалось татарское дворянство в Российской империи.
Захват Астрахани, завершивший включение под контроль московского правительства всей Волги, создал ряд проблем для мусульман Средней Азии, поскольку теперь были перекрыты северные (севернее Каспийского моря) пути для паломников и торговцев, связывавшие Среднюю Азию с Крымом и Османскими владениями. Для решения этих проблем (и, конечно, собственных стратегических задач) османский султан Селим II (1566—1574) даже подготовил военный поход в 1569 г., закончившийся, однако, неудачно (см. ниже).