В 1571—1574 гг. в Поволжье полыхало новое восстание, участники которого тщетно рассчитывали на помощь крымского хана. Следует также упомянуть и о последовавшем в 1582—1584 гг. восстании татар и мари (черемис). Это так называемая Третья черемисская война, в которой местные народы выступили против злоупотреблений местной царской администрации. Это восстание было наиболее масштабным, но оно также было подавлено с огромной жестокостью. Стремясь закрепиться на этих землях, московский царь бросил значительные силы на то, чтобы увеличить здесь численность христианского населения, для чего предпринимались различные меры: от принуждения к принятию крещения до истребления несогласного населения и заселения их земель русскими. Многие представители местных народов были вынуждены уходить в недосягаемую глушь (чуваши, мари, казанские татары) или эмигрировать в более восточные, недосягаемые для московских царей, районы (казанские татары, мари, удмурты). Подобные миграции хотя и носили спорадический характер, но продолжительность периода, в течение которого они имели место (вплоть до XVIII в., когда произошла их повторная активизация), свидетельствует о продолжении нажима со стороны московского правительства.
Курс к ужесточению политики был взят уже при более слабом преемнике Ивана IV — царе Федоре Ивановиче (1584—1598), оставшемся в истории под прозвищем «Блаженный». Реальная власть при нем находилась в руках его шурина Бориса Годунова. Казанский митрополит Гермоген писал царю письма, в которых выражал обеспокоенность тем, что татары восстанавливали мечети в Казани. 18 июля 1593 г. появилась «Царская грамота в Казань, о построении слободы с церковью и переводе туда из уезда новокрещенов, поколебавшихся от соседства с иноверцами в православной вере, о разрушении татарских мечетей, с запрещением впредь строить оные…». Несмотря на локальный характер этого распоряжения, это был один из поворотных моментов во взаимоотношениях центральной власти с мусульманским населением регионов.
Взятие под свой контроль волжской торговой магистрали способствовало усилению Московского государства на политической арене. Однако завоевание самих земель, таким образом, имело и другие последствия: на территории, занятые прежде народами различных культур, в том числе мусульманскими, с запада устремился поток переселенцев: из дворян, получавших здесь поместья, а также монахов, беглых крестьян и различных авантюристов. Уже не контролируемая государством, волна насильственной христианизации захлестнула территории Поволжья, Приуралья и Западной Сибири. Колонисты основывали на этих землях свои опорные пункты, вынуждая местное население покидать свои территории или обращаться в христианство, превращая его в объект эксплуатации.
Свои особенности имело подчинение Московскому царству Сибирского ханства, начавшееся в 1581 г. Несмотря на то, что это завоевание изначально происходило в процессе экспедиции разнородного отряда
Ногайская Орда, начинавшая выделяться в самостоятельное политическое образование уже при Идигу, окончательно оформилась в монолитную группировку лишь к 80-м годам XV в. К середине XVI в. ногаи фактически контролировали сухопутные торговые пути между Средней Азией и Восточной Европой. Но находясь между различными сильными политическими центрами, такими как Крым и Москва, они склонились в итоге на сторону последней именно вследствие угрозы того, что по причине захвата контроля над Волгой им могут быть отрезаны пути кочевок. Из трех орд, то есть племенных объединений так называемые Большие Ногаи, кочевавшие в Нижнем Поволжье, признали формальную зависимость от московского царя, Малые Ногаи, сохранявшие свои земли на Северном Кавказе, тяготели к Крымскому ханству, часть ногаев осталась за Волгой, и их судьба тесно связана с историей казахов и каракалпаков. Чуть позже, в начале XVII в., Большие Ногаи подверглись нашествию калмыков, появившихся с востока, остатки орды откочевали на Северный Кавказ и в Крым.