Начавшаяся в начале XVII в. в Московском государстве Смута — политический кризис, наступивший после прекращения московской династии Рюриковичей и фактически вылившийся в войну «всех против всех»,— затормозила на время все политические и идеологические процессы. Военные события захлестнули людей различной культурной принадлежности, вероисповедания и социального статуса. С появлением общего противника в лице Речи Посполитой: как русские и казаки, то есть христиане, так и тюрко-татары, мусульмане или новокрещенцы, наравне принимали участие в вооруженной борьбе, отстаивая интересы той или иной категории населения общей страны. В целом татары выступали на стороне существовавшего режима, сражаясь с польскими и шведскими войсками. Но даже те представители мусульманских народов, которые выступили в поддержку альтернативных центров власти, как, собственно, и любая этническая или социальная группа в типичной гражданской войне, отстаивали прежде всего собственные интересы. Мало кто знает, например, что Петр Урусов, убивший в 1610 г. Лжедмитрия II, был ногайским мурзой и носил имя Урак. Самозваного же царя он убил, мстя за несправедливо казненного своего друга — касимовского хана Ураз-Мухаммада. При этом когда-то крестившись, мурза Урак Урусов к моменту убийства Лжедмитрия II в ислам уже вернулся.
В то время как внутренняя жизнь общества центральных территорий формирующегося нового многонационального государства переживала своеобразную перестройку, погрузившись в хаос, лишь на время остановились экспедиции, предпринимаемые в Сибирь, организуемые центральной властью, которой теперь фактически не было. Тюрко-татарская элита, прежде всего представители религиозных и торговых кругов, продемонстрировавшие лояльность властям в ходе Смуты, продолжали служить в качестве связующих элементов между колонизаторами и населением Сибири, выступая как посредники и переводчики. Кроме того, они служили переводчиками при сношениях с государствами Ближнего Востока и Средней Азии. Татарский язык был вплоть до XVIII в. языком дипломатического общения России с Ираном. Он изучался также чиновниками, происходившими из русской среды.
Но уже первые цари из династии Романовых, Михаил Федорович (1628 г.) и Алексей Михайлович (1649 г.) начали предпринимать значительные шаги по ослаблению мусульманского дворянства: признавая за служилыми людьми из мусульман право владения землями, они, тем не менее, запретили им иметь православных крепостных, при этом Алексей Михайлович способствовал введению жестких наказаний мусульман за обращение в ислам христиан (смертная казнь через сожжение). Альтернативными вариантами было либо принятие крещения, позволявшее пользоваться всеми дворянскими привилегиями, либо переход в купеческое сословие.
Одновременно характерные для политики правительства в этот период меры по усилению центральной власти и ослаблению позиций наследственных землевладельцев, заменявшихся зависимым от центра служилым дворянством, а затем и усиливавшимся купечеством, приводили к тому, что основным оплотом сосредоточения власти, альтернативной центральной царской власти, могла стать только христианская Церковь, имевшая значительные земельные владения и огромную власть над умами людей. После столкновения патриарха Никона с царем Алексеем Михайловичем, закончившегося победой последнего, Церковь начинает утрачивать свой политический вес. Для мусульман, чьи позиции в новом, строящемся государстве, не были достаточно крепки, значительным выходом для инкорпорирования в социальную структуру в этих условиях была попытка усиления позиций собственного духовенства. Мусульманские духовные лица имели возможности сохранить среди населения мусульманскую образованность и приверженность родной культуре. Этому способствовал также и тот факт, что тюрко-татары теперь уже фактически не имели сильной светской элиты. Тюрко-татарская служилая аристократия в основном, принимая христианство, растворяется в новом обществе вместе с тем социальным слоем, к которому она принадлежала. Модернизаторские реформы, начавшиеся уже во второй половине XVII в., создают предпосылки для возникновения нового типа социальной структуры.