В июне 1839 г. огромные силы российской армии блокировали Шамиля в ауле Ахульго. Штурм аула длился два месяца, и ценой огромных потерь он был взят. Около двух десятков горцев сумели пробиться из окружения, среди них раненый Шамиль. При штурме погибла жена Шамиля и их грудной сын, а сестра Шамиля бросилась с горы, чтобы не попасть в плен, но российскими войсками был захвачен старший сын Шамиля. Битва была настолько катастрофической, что российскими властями даже была учреждена специальная медаль «За взятие штурмом Ахульго». Шамиль же в течение долгих лет продолжал возглавлять героическое сопротивление.
Однако объективно Шамиль располагал гораздо меньшими по сравнению с огромной империей экономическими и людскими ресурсами. В итоге, будучи блокирован в августе 1859 г. российскими войсками в ауле Гуниб с отрядом в 500 мюридов, старый шейх принял решение сдаться в плен. Лишь часть его людей последовала его примеру, многие предпочли смерть плену. Кто-то бросился вниз с горы, но предание чеченского народа сохранило сюжет, согласно которому один из его верных наибов, потерявший в боях глаз, руку и ногу, Байсангур из аула Беной, повел оставшихся людей на прорыв и сумел вырваться из окружения. Однако в 1861 г. он был ранен в одном из боев и попал в плен. Военной-полевой суд приговорил его к казни через повешение.
Следует отметить деятельность чеченского шейха Кунта-Хаджи Кишиева, активного последователя тариката кадирийа, приобретшего значительный вес на Северном Кавказе после поражения Шамиля, бывшего представителем накшбандийского тариката. Кунта-Хаджи начал проповеди в 50-е годы XIX в., в период Имамата Шамиля. Шейх призывал к прекращению насилия, проповедовал терпение и смирение, желая остановить кровопролитие, несущее беды и многочисленные потери его народу. Шамиль осудил выступление шейха. В отличие от тариката накшбандийа, где значительную роль в ритуально-обрядовых практиках играл тихий
Сам Кунта-Хаджи пребывал в ссылке, из которой не вернулся. Последнее упоминание о нем датируется 1867 г., однако среди его последователей живет убеждение в том, что шейх жив. Именно с Кунта-Хаджи связано закрепление авторитета духовных учителей
Что касается Шамиля, то он прибыл в Петербург, где был с честью принят российским императором и даже встретился с А.П. Ермоловым. Старый шейх был поселен с семьей в Калуге в достаточно комфортных условиях. На исходе лет он отправился в
В составе российской гвардии из кавказских горцев были сформированы Горский полуэскадрон (ногайцы, адыги, кумыки, чеченцы) и команда лезгин (лезгины и другие народы Южного Дагестана, чародинские аварцы) одной из самых элитных частей лейб-гвардии — Собственного Его Императорского Величества Конвоя. Другими мусульманскими частями в составе конвоя были команда мусульман (азербайджанские тюрки) и команда крымских татар, просуществовавшая наиболее длительный период времени — с 1826 по 1890 гг.