Так или иначе, пример Казахстана показателен тем, что в различных его исторических районах российское правительство апробировало разные схемы управления кочевым населением. В течение всего XIX в. то здесь, то там вспыхивали антироссийские восстания, однако подавляемые военной силой.
Следует отметить, что в 60-е годы XIX в. полномочия Оренбургского магометанского духовного собрания (ОМДС) не были распространены на Среднюю Азию (Туркестан), и из сферы его ведения был исключен регион современного Казахстана (в ОМДС входили лишь городские общины с преимущественно татарским мусульманским населением). Мусульманские общины Северного Кавказа, кроме ряда городов в предгорье и адыгских аулов, также фактически не были под контролем ОМДС. Этот вопрос, как было указано выше, был улажен в 1872 г. Что касается мусульман Средней Азии, то в 1857 г. был издан «Устав духовных дел иностранных исповеданий», согласно которому мусульмане Южной Сибири и Средней Азии («бухарцы и другие»), находившиеся «без принятия подданства» подчинялись «в делах духовных общему местному гражданскому управлению и через него — Министерству внутренних дел».
В то же время империя продолжала расширение вглубь Средней Азии, где напрямую сталкивалась с интересами трех крупных оседлых государств: Бухарского эмирата (1753—1920), Хивинского (1512—1920) и Кокандского ханств (1709—1876). Дело в том, что столкновение этих интересов отражала уже борьба за влияние на кочевников, территории которых играли роль своеобразной буферной зоны между крупными державами Евразии — Россией, Китаем и среднеазиатскими ханствами. Когда же Российская империя сумела непосредственно завладеть этими территориями, сделав их своими колониями, она вплотную подошла к границам Хивы, Бухары и Коканда, нарушив баланс политических сил в регионе. Уже в 40-е годы XIX в. линия российских укреплений подходит к Сырдарье. Так, после захвата устья реки в 1847 г. здесь построено Раимское (Аральское) укрепление, и российские войска перешли к радикальным действиям.
Превосходящая своим экономическим потенциалом и военной мощью Российская империя довольно быстро покорила враждовавшие между собой и разрываемые внутренними смутами ханства. После катастрофического штурма в 1853 г. кокандской крепости Ак-Мечеть на ее месте было основано очередное укрепление (ныне — г. Кызыл-Орда в Казахстане). После длительных, почти годичных, попыток взятия Ташкента, завершившихся все-таки захватом города, в июле 1865 г. указом российского императора Александра II было образовано Туркестанское генерал-губернаторство с центром именно в Ташкенте. Одновременно был учрежден Туркестанский военный округ. В 1866 г. Кокандское ханство было окончательно разгромлено, а в 1876 г. ликвидировано как политическая единица. В 1868 г. эмир Бухары, изначально объявивший