В целом российское правительство ограничивалось на этих территориях организацией военной колониальной администрации (в частности, было введено разделение на волости и уезды с соответствующим чиновничьим аппаратом), сохранив, в сущности, традиционный уклад. Местное население было освобождено от воинской повинности. Вместе с тем здесь основывались отдельные торговые фактории и промышленные предприятия, что опосредовало переселение сюда представителей русскоязычной культуры. Однако непосредственного вмешательства и радикальных попыток изменить быт населения этих территорий, кроме ликвидации некоторых социальных институтов, не предпринималось. Были, например, ограничены в правах шариатские суды.
В действительности генерал-губернатор К.П. фон Кауфман (1867—1882) считал, что мусульманская культура, казавшаяся ему примитивной, была уже изначально обречена на вымирание, и поэтому, по его мнению, достаточно было просто предоставить ее самой себе и ждать, не вмешиваясь. При этом К.П. фон Кауфман запретил российским христианским миссиям предпринимать здесь какую-либо свою проповедническую деятельность из-за недовольства местного населения их начавшейся активностью в этом направлении. Одновременно он пресекал и попытки ОМДС каким-либо образом вмешиваться в дела местных мусульман.
Преемник К.П. фон Кауфмана, М.Г. Черняев в 1884 г. организовал специальную комиссию под председательством ташкентского
Таким образом, если быт населения колониальными властями был почти не тронут, гораздо сложнее были их меры в сфере религиозной политики. С приходом нового правительства в Петербурге и появлением нового главы у колониальной администрации начинаются попытки глубже внедрить в жизнь населения Средней Азии российские нормы. Несмотря на то, что этот сложный процесс растянулся вплоть до 1917 г. и в итоге так и не был завершен, определенные меры по централизации механизмов управления регионом коснулись привычного уклада населения. В то же время, опасаясь влияния Османской империи, предпринимавшей попытки установить тесные контакты с мусульманскими лидерами Средней Азии, российские колониальные власти стремились децентрализовать религиозные учреждения на этих территориях и ослабить влияние религиозной элиты. Так, ограничивался прием на государственную службу лиц, окончивших медресе, ликвидированы в ряде городов должности
В целом нужно сказать, что, в отличие от управления кочевыми народами, в деле налаживания администрирования на территориях оседлого населения колониальные власти имели гораздо больший успех. Достаточно гибкая политика в отношении местного уклада, видимо, была опосредована необходимостью уменьшения вероятности возникновения конфликтных ситуаций, поскольку определенные претензии на захват территорий Средней Азии имела соперничавшая с Россией Англия, пытавшаяся в то время завладеть территорией Афганистана.