Кортесы 1480 г. утвердили большинство реформ, осуществленных королями; тем не менее влияние этого института также сократилось. Теоретически кортесы осуществляют представительство королевства перед лицом государя, они состоят из представителей трех сословий общества: знати, клира и депутатов от городов. Поскольку их основная задача — утверждать сервисьо, т. е. налоги, необходимые для функционирования государства, этим прекрасно объясняется, что два первых сословия не проявляют интереса к тем сессиям, которые не могут пропустить депутаты городов, теоретически выступающие от имени печеро[77]. В кортесах были представлены далеко не все города Кастильской Короны. В силу традиции право представительства в кортесах постепенно превратилось в закрытую привилегию участвовать в обсуждении и иметь право голоса, которой обладали только 17 городов: Бургос, Сория, Сеговия, Авила, Вальядолид, Леон, Саламанка, Самора, Торо, Толедо, Куэнка, Гвадалахара, Мадрид, Севилья, Кордова, Хаэн, Мурсия; с 1492 г., когда в состав королевства была включена Гранада, их стало 18. Католические короли тщательно следили за тем, чтобы кортесы не ущемляли монарших прерогатив. Поскольку их главной целью было восстановить полномочия государственной власти, они не могли согласиться, чтобы кортесы каким-либо образом разделяли эти полномочия. Напротив, им было выгодно, чтобы кортесы всегда подчинялись власти монарха. Короли добивались этой цели тремя способами: исключением из представительства в кортесах возможных противников своей политики; тщательным контролем за ходом сессий; сокращением их количества. Созыв кортесов стал обязательным лишь в строго определенные моменты: когда речь шла о принесении присяги новому государю или наследнику, либо когда возникала необходимость просить о введении новых налогов. Со временем Католические короли получили в свое распоряжение важные источники доходов благодаря косвенным налогам, таким как алькабалы и сборы на военные действия против иноверцев (bulas de cruzada), что позволяло обходиться без кортесов, прибегая к ним лишь в критические моменты. Так этот институт превращается в послушное орудие в руках государей.
Феодальная аристократия представляла собой гораздо более серьезную угрозу для монархии, чем кортесы. Именно она в XV в. ради удовлетворения своих властных амбиций и экономических интересов провоцировала политические кризисы, в том числе самый тяжелый — борьбу за Кастильское наследство. Чтобы противостоять знати, Католические короли позаботились о том, чтобы ограничить ее чрезмерное политическое влияние и вернуть присвоенную сеньорами часть королевского патримония[78]. Католические короли оказались в катастрофической финансовой ситуации из-за отчуждений хуро[79], налогов, податей и земель, совершенных их предшественниками. Осуществление этой реформы было возложено на духовника королевы Эрнандо де Талавера. После долгого и трудного обсуждения кортесы в Толедо в 1480 г. одобрили представленный план: была отменена почти половина действующих хуро, возвращены в королевский домен все ренты, налоги и земли, пожалованные знати начиная с 1464 г.
В политическом отношении существенным фактом была реорганизация Королевского совета, который отныне и впредь возглавлялся прелатом и состоял из трех кабальеро и восьми или девяти летрадо[80]. Представители высшей знати сохранили привилегию присутствовать на заседаниях, но лишь с правом совещательного голоса; им было запрещено любое прямое вмешательство в политику. После такой реформы Королевский совет стал главным органом управления. Все более возрастала важность королевских секретарей, которые готовили заседания Совета и являлись доверенными лицами государей. В конце концов они превратили Королевский совет в основной политический институт, способствуя тем самым утрате феодальной знатью ее позиций в государственном управлении.
Магистры духовно-рыцарских орденов в Испании всегда располагали огромными ресурсами и пользовались большим влиянием. Эти посты были мощным оружием в руках феодальной аристократии, и за них постоянно велась ожесточенная борьба. Католические короли не желали, чтобы впредь они представляли опасность для центральной власти. Фернандо добился, что его избрали магистром орденов Сантьяго, Калатрава и Алькантара, а в начале правления Карла V в 1522 г. папа Адриан VI поставил точку в этом вопросе, окончательно передав все три ордена под власть Короны.