Управление вновь завоеванным королевством возлагалось на двух лиц, пользовавшихся монаршим доверием: дон Иньиго Лопес де Мендоса, граф Тендилья, стал алькайдом[84] Альгамбры и генерал-капитаном, а Эрнандо де Талавера — архиепископом Гранады. По условиям капитуляции гранадским маврам гарантировалась свобода отправлять культ, право использовать свой язык, носить свою одежду и придерживаться своих обычаев; им было также обещано, что их будут судить по их собственным законам. Талавера, духовник королевы и новый архиепископ Гранады, взялся за задачу обращения мусульман, осуществляя ее мирными и сугубо апостолическими средствами: христианизация, распространение катехизисов на арабском языке, переводы Евангелий и проповедей. Такие методы приносили результаты обнадеживающие, но медленные. В 1499 г., во время поездки Католических королей в Гранаду, город посетил и некоторое время оставался в нем Сиснерос[85] — архиепископ Толедо и преемник Талаверы в качестве исповедника королевы. Чтобы добиться скорейшего обращения, он предлагал гораздо более энергичные и эффективные меры. И действительно, во время его пребывания в Гранаде обращения стали гораздо более многочисленными, однако используемые для этого методы вызвали тревогу и протесты мусульманского населения. Вспыхнул мятеж в Альбайсине, а затем восстание в Ла-Альпухарре[86]. Следствием этих событий стала прагматика (указ) от 11 февраля 1502 г.; королевская чета сочла, что мавры Гранадского королевства, восстав, нарушили договор 1491 г., и их обязали либо принять христианство, либо покинуть Испанию. Большинство выбрали первый вариант. Новообращенные, которых отныне называли морисками, в XVI в. постоянно создавали для властей серьезные проблемы, пока в начале XVII в. их окончательно не изгнали.
Интересы Испании и Франции сталкивались в двух регионах: в Италии и в Наварре.
В 1493 г. король Франции Карл VIII, готовясь к войне в Италии и стремясь развязать себе руки, заключил с королем Арагона договор, согласно которому возвращал Арагону Руссильон и Серданью[87]. По его условиям испанская королевская чета обязывалась не вступать ни в какой союз против Франции, если в него не вступит папа римский. Именно этот пункт дал повод для испанского вмешательства в итальянские дела: Фернандо счел, что Карл VIII не имел права занять Неаполитанское королевство, которое было папским феодом; с другой стороны, вооруженное присутствие Франции в Неаполе представляло угрозу испанским интересам на Сицилии. Наконец, Фернандо и сам претендовал на юг Италии, где короли Арагона, его предки, играли ведущую роль в политике и заложили основы будущей гегемонии.
Карл VIII двинулся в Италию, почти не встречая сопротивления, дошел со своим войском до Рима и в феврале 1495 г. вступил в Неаполь. Тем временем Фернандо убедил папу, свергнутого неаполитанского короля, императора, миланского герцога и правителей Венеции заключить союз, Священную лигу, чтобы достичь мира между всеми христианскими народами и защитить права членов Лиги (май 1495 г.). Испании принадлежала главная роль в комплектовании войска Лиги, командование которым принял молодой военачальник Гонсало Фернандес де Кордова, позже получивший прозвище Великий капитан. Он за несколько месяцев изгнал французов из Неаполитанского королевства.
После смерти Карла VIII его преемник Людовик XII заключил соглашение с Фернандо Католическим о разделении Неаполитанского королевства (Гранадский договор 1500 г.). На самом деле ни один из двух государей не собирался отказываться от своих претензий, так что военные действия вскоре возобновились, к очевидной выгоде для войск Великого капитана. Неаполитанское королевство было окончательно включено в состав Арагонской Короны.
Франко-испанское соперничество также дало повод для присоединения к Испании Наварры, что и произошло в 1512 г.[88] Это королевство, вклинившееся между двумя державами, неизбежно должно было вступить в союз с одной из них и, следовательно, представляло угрозу для другой. При этом его особое административное и фискальное устройство не претерпело изменений.
Наконец, с итальянской политикой Католического короля были связаны кампании на севере Африки. Походы на Мелилью (занятую в 1497 г.), Оран (1509) и другие крепости на севере Африки имели главной целью атаковать базы берберских корсаров и обеспечить безопасность коммуникаций между Испанией и Италией в Западном Средиземноморье.