Едва она прибыла во Фландрию, как ее ревность вспыхнула с новой силой. Постоянно повторялись конфликты с мужем и с придворными. В корреспонденции посла Католических королей во Фландрии Гутьерре Гомеса де Фуэнсалида упоминаются такие ссоры. В ней часто говорится о «разладе, неприязни, антипатии, недовольстве и резких выражениях» в разговорах между супругами. Такое положение дел очень беспокоило Католических королей. Филипп Красивый посылал в Испанию детальные сведения о Хуане, в которых впервые стал упоминать о ее душевном здоровье. Он полагал, что его супругу следует заключить в какую-нибудь крепость. Эти обстоятельства объясняют клаузулу завещания королевы Изабеллы, продиктованного 12 октября 1504 г., за полтора месяца до ее смерти. По завещанию Хуана объявлялась наследницей кастильского трона, но с важной оговоркой: в случае если новая королева «не сможет или не захочет заниматься делами управления», король Фернандо должен взять на себя бремя управления Кастилией, пока старший сын Хуаны, принц Карлос, не достигнет совершеннолетия, «по крайней мере 20 полных лет».
Была ли Хуана на самом деле безумной? Одни описывают ее как женщину истеричную, сошедшую с ума на почве ревности и физической страсти. Другие склоняются к мысли о заговоре, и в этом случае Хуана оказывается жертвой государственной необходимости и политических махинаций с целью лишить ее власти: сначала ее муж, затем отец и, наконец, сын устроили все таким образом, чтобы править от ее имени. Несомненно, Хуана страдала каким-то психическим расстройством, как и ее бабушка по материнской линии, Изабелла Португальская. Она не была сумасшедшей в обычном смысле этого слова, но у нее не было воли и энергии, которые требуются правителям. Ни ее мать, ни отец, ни затем сын не могли допустить, чтобы судьба королевства оказалось в столь слабых руках.
Королева Изабелла умерла 26 ноября 1504 г. Фернандо Католический готовился управлять Кастилией от имени дочери. Филипп Красивый, находившийся во Фландрии, отрицал сумасшествие Хуаны. Его расчет понятен: в случае признания ее безумной необходимо было следовать завещанию королевы Изабеллы и регентом становился Фернандо Католический; напротив, если исходить из того, что Хуана способна управлять, то Фернандо остается не у дел, а Филипп Красивый, как муж королевы, может принимать участие в делах управления. Речь шла, таким образом, о борьбе за власть между Фернандо Католическим и Филиппом Красивым, между отцом и мужем несчастной королевы. Кортесы, собравшиеся в Торо в январе 1505 г., приняли противоречивое решение: они признали Хуану королевой Кастилии, а Фернандо — «законным попечителем, распорядителем и правителем этих королевств и владений».
А если так, то Фернандо Католический превращается в мишень для жесткой критики сторонников Филиппа. Быстро становится очевидно, что соглашение между ним и Филиппом невозможно, особенно с того момента, как король Арагона увидел, что общественное мнение в Кастилии оказалось не на его стороне. Многие хотели воспользоваться обстоятельствами, чтобы не платить по счетам. Почти все могущественные сеньоры грезили о том, чтобы вернуть позиции, утраченные с приходом к власти Католических королей, и рассчитывали, что Филипп Красивый будет им благодарен, если они ему помогут достичь единоличного правления, изгнав Фернандо. Наконец, политическую ситуацию в Кастилии еще более усложняла международная обстановка. В сентябре 1504 г., за пару месяцев до смерти королевы Изабеллы, без всяких переговоров с ней или с ее мужем в Блуа был заключен договор между королем Франции Людовиком XII, императором Максимилианом I и эрцгерцогом Филиппом Красивым — договор, который представлял угрозу для испанских интересов в Италии. Ясно было, что в борьбе за власть над Кастилией Филипп искал помощи Франции. Ответ Католического короля последовал в октябре 1505 г.: он заключил мир с Францией и, что гораздо необычнее и серьезнее, взял на себя обязательство вступить в брак с Жерменой де Фуа, племянницей французского короля; взамен Людовик XII уступал Фернандо свои предполагаемые права на Неаполитанское королевство. В это время Фернандо считал уже проигранной борьбу за право управлять Кастилией. Филипп и Хуана прибыли в Ла-Корунью 26 апреля 1506 г. Почти все крупные сеньоры Кастилии отправились к Филиппу, чтобы изъявить ему свою преданность. У Католического короля не было другого выхода, как отказаться от власти над Кастилией и заняться своими владениями в Арагоне и Неаполе. Но в сентябре в Бургосе Филипп Красивый заболел и всего через шесть дней, 25 сентября 1506 г., умер.