В 1543 году инквизиция привлекла к ответственности генерального капитана и военного губернатора Барселоны Педро Кардону. Он обвинялся в нарушении привилегии барселонского трибунала и был приговорен к частному аутодафе в кафедральной церкви: со свечой в руке, без оружия и орденов, Кардона с поникшей головой выслушивал молитвы, читавшиеся инквизиторами для отпущения греха. Около этого же времени за аналогичный проступок был приговорен к частному аутодафе и денежному штрафу испанский гранд первого класса маркиз Терранова — родственник Карла V, вице-король и генерал-губернатор Сицилии.
Как легко начинали следствие против самых выдающихся людей, видно на примере одного из образованнейших людей Испании доктора Хуана Вергары. В бытность толедским архиепископом великий инквизитор Хименес пригласил к себе Вергару в качестве секретаря, и эти обязанности Вергара продолжил исполнять и тогда, когда Хименеса в качестве архиепископа сменил Фонсека. Одновременно он состоял также профессором философии в университете в Алькала-де-Энаресе, писал на латинском языке стихи, переводил Аристотеля. Когда была арестована иллюминатка Франсиска Эрнандес, она, желая себя спасти, стала оговаривать многих людей и заявила суду, что Вергара исповедует лютеранские идеи. Эрнандес вторил ее последователь монах Франсиско Ортис, сказавший, что Вергара порицал Парижский университет за обнаружение еретических мыслей в сочинениях Эразма, хотя таковых, по мнению Вергары, на самом деле нет. Так как к показаниям Эрнандес и Ортиса доверия было немного, трибунал медлил с арестом Вергары, но, к несчастью для него, в 1533 году стало известно, что он, подкупив стражу, переписывается со своим арестованным братом Бернардино, против которого имелись улики, что он увлекся идеями Эразма Роттердамского. После этого Вергару арестовали по обвинению в ереси и подкупе служителей трибунала.
Когда Вергару арестовали, архиепископ Фонсека просил трибунал выпустить его на поруки, предлагая залог в 50000 дукатов. Но это ходатайство было отклонено, и тогда Фонсека предложил перевести профессора под домашний арест. Все эти хлопоты привели лишь к ужесточению режима содержания — в камере Вергары заколотили окна. На суде Вергара с большой энергией доказывал, что всегда был истым католиком, и, по сути, разбил все доводы обвинения. Но инквизиция, натолкнувшись на препятствие, не сдалась и обвинила его в дружбе с Эразмом Роттердамским. В качестве улики была предъявлена переписка Вергары с Эразмом, которую он вел по поручению архиепископа Фонсеки. То, что с Эразмом вели деятельную переписку многие высокопоставленные лица и даже сам император Карл V, суд не желал принимать во внимание. В то же время у него не хватало аргументов, чтобы вынести обвинительный приговор, и поэтому была взята на вооружение обыкновенная в таких случаях тактика — вынесение окончательного решения откладывалось под разными предлогами, словно судьи чего-то ждали. В конце концов выяснилось, что ожидание это было не напрасным — когда процесс, казалось, уже зашел в тупик, поступил донос от бенедиктинского монаха Алонсо Вируэса, будто бы лично слышавшего еретические высказывания Вергары. Трибунал ухватился за это «доказательство», и 21 декабря 1535 года Вергара был приговорен к «сильному отречению», году заключения в монастыре и штрафу в 1500 дукатов.
Надо заметить, что Вируэс — ученый-ориенталист и любимый проповедник Карла V — сам в это время уже третий год как находился в заточении, арестованный по обвинению в сочувствии все тому же Эразму. И это несмотря на заключение, данное теологами, что сочувствие Вируэса Эразму относится к тому периоду, когда Эразм считался еще оплотом католицизма и к нему прибегали за поддержкой для борьбы с Лютером. Характерно, что все старания императора вызволить Вируэса из тюрьмы наталкивались на непоколебимую твердость инквизиционного трибунала. В 1537 году Вируэс был приговорен к «сильному отречению», двум годам монастырского заключения и четырем годам запрещения произносить проповеди. Карл V был возмущен этим приговором и добился от папы Павла III особого бреве, отменяющего вердикт трибунала, и в 1542 году Вируэс был даже назначен епископом на Канарских островах.
Большой резонанс в обществе вызвал процесс епископа Фройлана Диаса, духовника Карла II. Король, человек умственно отсталый и физически хилый, сильно страдал от сознания, что не оставляет наследника престола. Когда умерла его первая жена Мария-Луиза Орлеанская, он поспешил жениться вторично, но и с новой женой, Марией-Анной Нейбургской, его постигло разочарование. Тогда он обратился к Фройлану Диасу, великому инквизитору Рокаберти и к кардиналу Портокарреро с вопросом, что они думают насчет того, почему Бог отказывает ему в потомстве. Все трое согласились на том, что причиной бездетности Карла является колдовство, одолеть которое можно соответствующими заклинаниями.